GBIF España
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condiciones de uso de los datos

 
 

Todos los juegos de datos de presencia publicados a través de GBIF deben ir acompañados de una licencia que define el tipo de uso que se puede hacer de dichos datos. En 2014 el Órgano de Gobierno de GBIF acordó que las bases de datos de biodiversidad debían adscribirse a alguna de las siguientes licencias "Creative Commons":

  • CC0: licencia de uso universal, sin ningún tipo de restricciones.
  • CC BY: se permite copiar, redistribuir o editar el material, pero siempre citando adecuadamente la fuente e indicando los cambios realizados.
  • CC BY-NC: igual que en el caso anterior pero únicamente para uso no comercial.

Este objetivo se alcanzó en verano de 2016. La mayoría de proveedores de datos (un 83%) eligieron la licencia CC BY y un 5% optaron por la licencia menos restrictiva (CC0). En el contexto español, el tipo de licencia más usada fue CC BY-NC (en torno a un 67% frente a un 33% de los proveedores que eligieron CC BY). Más información sobre los resultados de este proceso en: http://www.gbif.org/newsroom/news/data-licensing-milestone

Recursos recomentados:

   
acuerdos en el marco de GBIF


Todos los acuerdos originales relacionados con el intercambio y el uso de los datos en la red de GBIF están recogidos en el portal del Secretariado de GBIF en la siguiente dirección:
http://www.gbif.org/disclaimer/datasharing

 
Acuerdo de Uso de los Datos de GBIF

Todos los potenciales usuarios de datos de GBIF, deben leer y comprender el Acuerdo de Uso de los datos de la red de GBIF antes de poder acceder a los datos propiamente dichos. En el siguiente documento puede acceder a la versión en español del acuerdo (acompañada del original en Inglés), proporcionada por la Unidad de Coordinación del Nodo Español de GBIF.
Acuerdo de Uso de los Datos de la Red de GBIF - Español

 
Acuerdo de Intercambio de Datos en GBIF

A la hora de compartir datos a través de la red de GBIF, es fundamental que los potenciales proveedores lean y ratifiquen el Acuerdo de Intercambio de datos en la red de GBIF. En el siguiente documento puede acceder a la versión en español del acuerdo (acompañada del original en Inglés), proporcionada por la Unidad de Coordinación del Nodo Español de GBIF.
Acuerdo de Intercambio de Datos en la Red de GBIF - Español

 
 
como citar


Tal y como queda establecido en el "Acuerdo de Uso de los Datos de la Red de GBIF", los usuarios de los datos deben reconocer a los proveedores de datos y a las colecciones el uso de sus datos. En los siguientes documentos, se explica como pueden incluirse las referencias necesarias para cumplir con este requerimiento.

El siguiente formato ha de ser utilizado a la hora de citar datos obtenidos de la red de GBIF:
Base de datos de biodiversidad publicada por: (Accedido a través del Portal de Datos de GBIF, data.gbif.org, YYYY-MM-DD)

Por ejemplo:
Base de datos de biodiversidad publicada por: Ruiz, T. (2005) Vascular collection herbarium online database in Extremadura (Accedido a través del Portal de Datos de GBIF, data.gbif.org, 2007-02-22).


 

Para asegurar la interoperabilidad a la hora de consultar diferentes bases de datos de biodiversidad repartidos por todo el mundo es necesario tener un conjunto de información estándar para bases de datos de colecciones de historia natural y observaciones y censos de campo. Se presentan a continuación las dos alternativas más utilizadas en el ámbito internacional.

 Darwin Core

Darwin Core es un conjunto de estándares desarrollado y promovido por la organización internacional TDWG (Biodiversity Information Standards) y utilizado por la red de GBIF para facilitar el intercambio de información sobre la diversidad biológica. Estos estándares incluyen un glosario de términos (columnas, campos) basados principalmente en los taxones y su presencia documentada en la naturaleza, ya sea mediante registros observacionales o a través de especímenes conservados en colecciones de historia natural.

Existe una variante simple de Darwin Core que recoge una serie de términos de uso común en una amplia variedad de campos de la biodiversidad; son aquellos relacionados con la taxonomía, localización y eventos que documentan los registros biológicos en el planeta. La plantilla en formato MS Access de esta versión simplificada puede ser descargada aquí.

De las versiones desarrolladas, el esquema utilizado actualmente por el GBIF para publicar datos corresponde a la versión Darwin Core 1.2 y Darwin Core 1.4. Más información sobre estas y otras versiones, y la equivalencia entre sus términos, están disponibles aquí.

El formato preferido para publicar datos en la red de GBIF es el Darwin Core Archive (DwC-A) que consiste en un conjunto de archivos de texto (TAB o CSV) interrelacionados, cuyo esquema está definido en la siguiente página. Darwin Core Archive se está implementando en la actualidad y dicho formato será soportado por las herramientas informáticas desarrolladas por la Unidad de Coordinación.

ABCD

El Access to Biological Collections Data (ABCD) es un esquema alternativo que facilita el acceso e intercambio de datos primarios de biodiversidad. Es un esquema complejo que alberga casi 1500 conceptos/campos que fue desarrollado en el marco del proyecto europeo BioCASE. La versión 1.2 es la utilizada actualmente por las redes de GBIF y BioCASE. Puede obtener la información más actualizada sobre el estándar en:

Plinian Core

Plinian Core es un estándar desarrollado por la Infraestructura Mundial de Información en Biodiversidad (GBIF) que permite la integración y el acceso unificado a la información sobre los organismos vivos. Siendo este un estándar, se compone de un conjunto de conceptos que define los atributos básicos necesarios para integrar y recuperar la información sobre especies de organismos requerida por usuarios especializados en temas de biodiversidad y usuarios de otras áreas. El Comité del Inventario Español del Patrimonio Natural y de la Biodiversidad, aprobó en su reunión del pasado 16 de junio de 2015 la adopción del estándar Plinian Core como estructura de almacenamiento, distribución y gestión de toda la información relativa a especies recogida por los componentes del IEPNB.

 

Difuminado de coordenadas

Licencia de Creative Commons
Logo Plinian Core by Humboldt Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt.
Creado a partir de la obra en https://github.com/PlinianCore/Documentation/tree/master/Logo-Pliniancore

     

 Nombres científicos

En estos enlaces se pueden encontrar listados de nombres (check-lists) con los que comprobar los nombres incluidos en sus colecciones de datos.

Grupos específicos:

Animales en general   Index to Organism Names (ION)
Mamíferos   Mammal Species of the World (MSW)
Aves   AviBase
Peces   FishBase
Anfibios   Amphibian Species of the World (ASW)
Plantas vasculares   International Plant Names Index (IPNI), TROPICOS, The Plant List.
Musgos   Most y también en el Index to Organism Names (ION)
Hongos y líquenes   Index Fungorum y también en el Index to Organism Names (ION)
Algas   AlgaeBase, Index Nominum Algarum y también en el Index to Organism Names (ION)
Bacterias   List of Bacterias with Standing in Nomenclature (LBSN)
Virus   The Universal Virus Database of the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTVdB)

*Diccionario de géneros desarrollado para HERBAR (plantas vasculares, hongos, briófitos).

Lista de Táxones de la Flora Vascular Española

Ya está disponible para su descarga la Lista de Táxones de la Flora Vascular Española, la cual incluye un total de 10.493 táxones dispuestos en 212 familias, 1399 géneros, 7069 especies y 1813 subespecies y se presenta como una tabla adaptada al formato estándar Darwin Core. Todos los táxones, nombres y referencias bibliográficas vienen acompañadas de sus respectivos identificadores, que son de tipo LSID, es decir: únicos, globales, persistentes y resolvibles. Para la taxonomía se ha seguido a Flora iberica (incluyendo las listadas como «Especies que han de buscarse») y subsidiariamente al proyecto Anthos. Estas fuentes se han completado con otras atendiendo a criterios de coherencia, relevancia y actualidad.

  1. Descarga directa de la base de datos: http://www.gbif.es/ipt/archive.do?r=taxonesfloraespanola&v=1.6
  2. Descarga de la base de datos desde el IPT de GBIF.ES: http://www.gbif.es/ipt/resource?r=taxonesfloraespanola

Bases de datos de nombres de plantas en España con LSIDs para sistemas de información e intercambio de datos

Las siguientes bases de datos contienen los nombres científicos e identificadores únicos (LSIDs) extraídos de The International Plant Names Index (IPNI) para los géneros de plantas tratados en el proyecto Anthos. En total este catálogo contiene más de medio millón de nombres. La información se ofrece en dos formatos compatibles con algunas de las aplicaciones informáticas desarrolladas por la Unidad de Coordinación de GBIF.ES, lo que posibilita utilizar dichas bases de datos como diccionario de nombres:

  1. Formato NOMEN compatible con Herbar, Zoorbar, HZL y BIBMASTER. (MS Access y txt)
  2. Formato Species2000 compatible con Darwin Test. (MS Access y txt)
 
Campos y propiedades
Descargas
Formato NOMEN
Estructura NOMEN (.pdf; 64 Kb)
MS Access (.rar; 32.8 Mb)
Texto (.rar; 18 Mb)
Formato Species2000
MS Access (.rar; 20.6 Mb)
Texto (.rar; 10 Mb)

En ambos casos se incluye la jerarquía taxonómica para cada nombre científico (Reino, Clase y Orden) extraídos de la base de datos de Catalogue of Life/Species2000. Esta jerarquía ha sido revisada posteriormente siguiendo las siguientes propuestas de clasificación:

Helechos:
Smith, A.R. et al. (2006). A classification for extant ferns. Taxon 55(3): 705-731.

Gimnospermas:
Christenhusz, M.J.M. et al. (2011). A new classification and linear sequence of extant gymnosperms. Phytotaxa 19: 55-70.

Angiospermas:
APG III (2009). Bot. J. Linn. Soc. 161:105-121.
Para angiospermas, hay algunas excepciones al  tratamiento del APG III para las familias Boraginaceae, Scrophulariaceae y algunas familias que incluyen especies parásitas.

En este trabajo hemos contado con la inestimable colaboración de Miguel Ángel García del proyecto Flora Ibérica.

Notas importantes:

  • La información de los campos referentes a la publicación científica puede contener valores truncados (textos incompletos).
  • En ambos casos las bases de datos se proporcionan en formato Access 2007/2010 ya que un elevado número de registros dificulta su manejo con versiones anteriores.
  • IPNI tiene múltiples entradas en las que aparentemente un mismo nombre posee distintos LSIDs. En estos casos se ha respetado IPNI, si bien sería conveniente eliminar los homónimos en los casos en los que la base de datos se utilice como diccionario de nombres. Los homónimos se han señalado en el campo HasHomonyms. Además, las especies de géneros homónimos poseen el texto “Species of an homonym genus” en el campo Nomenclatural Remarks (Formato Species2000)  u Observnom (Formato NOMEN).
 
 
  • Catálogo de la vida / Catalogue of Life: recurso global para obtener información taxonómica sobre plantas, animales, hongos y microorganismos de todo el mundo.
  • Index Herbariorum: directorio global donde encontrar los herbarios de todo el mundo. Incluye su ubicación física, dirección Web, los contenidos (por ejemplo, el número y tipo de muestras), la historia y los nombres, información de contacto y áreas de especialización del personal asociado.
  • Plant Systematics: se proporciona la lista de autores de los nombres de plantas incluyendo las abreviaturas estandarizadas.
 
 
Software


Desde la Unidad de Coordinación de GBIF en España se desarrollan programas informáticos, que se ponen a disposición de la comunidad científica española de manera libre y gratuita para facilitar la incorporación de sus datos a la iniciativa de GBIF. Del mismo modo, se da soporte técnico y formación sobre estos programas a todos aquellos investigadores que participan activamente en la iniciativa de GBIF.

 
APOYO A USUARIOS de las aplicaciones desarrolladas por la Unidad de Coordinación.
 

Se ofrece soporte técnico gratuito a los usuarios de los programas desarrollados por la UdC solucionando los posibles problemas tanto de instalación como de uso de los programas. Se proporciona asistencia para las posibles actualizaciones así como en la migración a nuevas versiones.

Como parte del servicio asociado al desarrollo de las aplicaciones, se busca la participación activa de los usuarios en el proceso de desarrollo de los programas, de modo que las sugerencias son bienvenidas. Estas sugerencias son estudiadas e incluidas en la siguiente versión cuando tienen un demanda suficiente, y es técnicamente posible.

Contacte con la Unidad de Coordinación para informarse sobre este soporte.

 
Software de informatización de colecciones y proyectos


A la hora de abordar un proceso de informatización, ya sea de una colección de historia natural, de datos de observaciones obtenidas directamente en el campo, de citas provenientes de fuentes bibliográficas, o de cualquier otro origen de datos de biodiversidad, es fundamental conocer las herramientas existentes para realizar la labor con eficiencia.

Acogerse a una iniciativa reconocida de las ya existentes nos garantiza el aprovechamiento de la experiencia acumulada por otros grupos de investigación, permitiéndonos evitar los problemas conocidos y comenzar con efectividad los trabajos de informatización ya desde el inicio de nuestro proyecto. Del mismo modo, nos asegura trabajar de acuerdo con los últimos estándares internacionales referentes a bases de datos biológicas, la interconexión entre distintas bases de datos, y la fácil adhesión a iniciativas internacionales relacionadas como GBIF.

 
 ELYSIA: Programa de gestión de colecciones de biodiversidad

Logo Elysia   

ELYSIA es el nombre del software para informatizar y gestionar colecciones botánicas y zoológicas desarrollado por el nodo español de GBIF. Esta herramienta fue presentado en diciembre de 2015 como versión beta y en mayo de 2016 ha sido publicada oficialmente. Es un programa muy completo que nace de la fusión de las herramientas Herbar y Zoorbar, cuyo desarrollo ha quedado parado desde el lanzamiento de Elysia, ya que incorpora las funcionalidades de ambas además de nuevas opciones:

  • Asignación de identificadores únicos a los ejemplares (PURLs - Persistent Uniform Resource Locator y UUIDs - Universally Unique Identifier),
  • Exportación de la base de datos para su publicación en Internet en formato Darwin Core Archive,
  • Soporte para cumplir con el protocolo de Nagoya

Toda la información sobre Elysia está disponible en:

http://www.gbif.es/elysia/elysia.php

 
 HERBAR: Programa de gestión de colecciones botánicas
  
Logo Herbar  

HERBAR es el nombre del software para informatizar y gestionar colecciones botánicas recomendado y apoyado por el nodo español de GBIF. Es un programa muy completo, con multitud de funciones y disponible en varios idiomas.

Es la aplicación estándar de la AHIM (Asociación de Herbarios Ibero-macaronésicos) y se utiliza de manera regular en decenas de instituciones españolas para la gestión de herbarios y bancos de germoplasma.

Para obtener más información sobre HERBAR, visite su página web:

http://www.gbif.es/herbar/herbar.php

 
 ZOORBAR: Programa de gestión de colecciones de historia natural
Logo Zoorbar   


ZOORBAR
es software para informatizar y gestionar colecciones de historia natural recomendado y apoyado por el nodo español de GBIF. Su flexible sistema de atributos permite su adaptación a las características particulares de cualquier colección biológica.

Esta aplicación está teniendo una interesante implantación en la comunidad zoológica española, y varias importantes instituciones ya gestionan sus colecciones de historia natural con ZOORBAR.

Para obtener más información sobre ZOORBAR, visite su página web:

http://www.gbif.es/zoorbar/zoorbar.php

 
 HERBAR/ZOORBAR LIGERO: Programa de gestión de colecciones botánicas y zoológicas
Logo HZL   


Herbar-Zoorbar Ligero
es una aplicación para informatizar y gestionar colecciones tanto botánicas como zoológicas. Tiene como objetivo facilitar el intercambio de información entre los usuarios que informatizan el material biológico y la colección principal a través de tablas de Entrada rápida, sin necesidad de instalar Herbar o Zoorbar.

Para obtener más información sobre HZL, visite su página web:

http://www.gbif.es/hzl/hzl.php

 
 BIBMASTER: Programa de gestión de proyectos de biodiversidad

Logo Bibmaster
  

BIBMASTER es una aplicación de bases de datos para gestión de información sobre biodiversidad, haciendo especial hincapié en la información bibliográfica y nomenclatural. Está recomendada y apoyada por el nodo español de GBIF.

Este programa permite la gestión de bibliografías, autores, palabras clave, nomenclatura, check-lists, listas de material, etiquetas de herbario, ilustraciones e información a nivel de taxon.

Importantes iniciativas nacionales utilizan BIBMASTER para gestionar su información, como los proyectos Flora iberica, o Flora Micológica Ibérica.

Para obtener más información sobre BIBMASTER, visite su página web:

http://www.gbif.es/bibmaster/bibmaster.php

     

Otros programas de informatización de colecciones:

Puede comprobar un completo listado de software para informatizar colecciones de historia natural en la web del subgrupo "Biological Collection Data" del TDWG. Allí podrá encontrar enlaces a programas como HERBAR, SPECIFY, BIOTICA, RECORDER2000, y muchos más.
 
Software de validación y transformación
 
FindIt2DarwinCore
 
find it to darwin core  

FindIt2DarwinCore es un programa que rellena tablas de Darwin Core de MS Access a partir de los nombres científicos almacenados en documentos PDF ubicados en direcciones web. Esta aplicación usa el servicio web FindIT de www.ubio.org y se puede descargar en la siguiente dirección:

http://sourceforge.net/projects/findit2darwinco/

Agradecemos la colaboración en este desarrollo al equipo de UBIO del Marine Biological Laboratory www.mbl.edu así como al proyecto Taxon Name Processing Tools and Resources.

 
DARWIN TEST: Validación y chequeo de datos en formato Darwin Core
 
Darwin Test   

DARWIN TESTes una aplicación para la validación y comprobación de los registros en formato Darwin Core (versiones Darwin Core 1.2, Darwin Core 1.4 o Darwin Core Archive), estándar para el intercambio de información de especímenes y observaciones de colecciones de historia natural.

Se recomienda utilizar esta herramienta para detectar posibles problemas en los datos y como paso previo a su publicación en la red de GBIF. Entre las comprobaciones que se realizan, se analizan errores de omisión, tipográficos, de convención y de coherencia. DARWIN TEST está basado en Microsoft Access y está disponible también en inglés.

Para obtener más información sobre DARWIN TEST, visite su página web:

http://www.gbif.es/darwin_test/Darwin_Test.php

 
NAME PARSER
 
Name Parser   

NAME PARSER

Se trata de una aplicación con base de datos MS Access para desglosar nombres científicos en sus componentes básicos: género, especie, autor de la especie, rango infraespecífico, epíteto infraespecífico, autor infraespecífico y año.

Para descargar y conocer más sobre esta aplicación pinche aquí.

http://www.gbif.es/name_parser/Name_Parser.php

 

 

Otras herramientas informáticas

Existen otras iniciativas de desarrollo de software para gestión y explotación de información en biodiversidad. Aquí se presentan algunos ejemplos:
 
 VegAna de la Universidad de Barcelona


Logo VegAnaLa Unidad de Botánica de la Universidad de Barcelona ha desarrollado un paquete integrado de aplicaciones para la gestión y el análisis de datos biológicos llamado VegAna (Vegetation Edition and Analysis). Desde la página principal del proyecto se pueden descargar las siguientes aplicaciones:

  • ZamiaDroid: toma de datos en campo con dispositivos móviles.
  • Ginkgo: representación, clasificación y análisis multivariante de datos de biodiversidad.
  • Quercus: editor de tablas de datos de tipo inventario de especies.
  • Fagus: editor y gestor de citas florísticas.
  • Yucca: representación cartográfica de los datos.

Recientemente se ha añadido una interesante función a este software: ¡Importación y uso de datos de GBIF!

Para obtener más información, visite la página principal de B-VegAna:

http://biodiver.bio.ub.es/vegana/castellano/index.html

 
 DEMIURGE
 

Logo VegAnaEl Jardín Botánico Canario “Viera y Clavijo” – Unidad Asociada CSIC (Cabildo de Gran Canaria), el Instituto Tecnológico de Canarias (Gobierno de Canarias), Mr. Bicho, The Agile Monkeys, Claudesign, Jablesoft, Inventiaplus y la Fundación Amurga-Maspalomas están desarrollando DEMIURGE, una herramienta para ampliar el conocimiento sobre la diversidad genética de la biodiversidad que sigue los estándares de GBIF sobre intercambio y estructura de datos. Demiurge es un repositorio de libre acceso de matrices de genotipos georeferenciadas que facilitará análisis estadísticos más versátiles así como meta análisis de datos genéticos a través de los estándares de información genética en formato Transformer-4 (T4). Estas nuevas aplicaciones informáticas tienen su origen en actividades del proyecto DEMIURGO co-financiadas por el Programa de Cooperación Transnacional Madeira-Açores-Canarias (FEDER), el Jardín Botánico Canario “Viera y Clavijo” – Unidad Asociada CSIC, y el Instituto Tecnológico de Canarias.

Para obtener más información, visite la página:

http://www.demiurge-project.org/

 
 Algae Culture Management
 

logo beaDentro de la estrategia innovadora que el Banco Español de Algas (BEA), centro dependiente de la Universidad de Las Palmas de Gran Canaria, y buscando siempre la productividad y eficacia en los procesos, se ha desarrollado junto con la empresa Singular Factory, una aplicación en entorno web y una APP para IPAD para la gestión de cepas, desde la fase de bioprospección hasta el flujo completo en un centro como el BEA.

Se trata de un software libre, de finaciación pública y de acceso público con el fin de que la comunidad participe en su mejora y evolución. Está alojado actualmente en:

https://github.com/singularfactory/ACM

La aplicación web se ha denominado Algae Culture Management (ACM) y su principal objetivo consiste en centralizar toda la información relativa al cultivo, identificación y conservación del catálogo de cepas de algas que posee el BEA. Para ello, la aplicación se divide en un conjunto de módulos: localizaciones, muestreo, catálogo de cepas, medios de cultivo y laboratorio de ADN. Junto con estos hay otros módulos adicionales para gestionar información que no se ajusta a los módulos anteriores: cultivos de mantenimiento, criogenización de cepas, cultivos para patentes, etc.

Cada módulo recoge los datos de diferentes registros que se generan en el trabajo diario de campo y laboratorio. A su vez, cada registro de un módulo se encuentra relacionado con registros de otros módulos. De esta forma, por ejemplo, podemos saber de qué muestra se aisló una cepa y en qué localización fue obtenida esa muestra. Esto ayuda al investigador en gran medida, puesto que con cada registro se muestra un resumen de estas relaciones y una serie de enlaces para mostrar los detalles de las mismas.

Por su parte, la aplicación para iPad ofrece la alternativa móvil a la aplicación web para el trabajo de campo. Su objetivo es facilitar la recolección de datos durante una expedición, recogiendo todos los datos de localización y muestreo y sincronizándolos con la base de datos de manera remota. Así cuando el investigador llega al laboratorio ya tiene toda la información introducida en la base de datos y lista para el comienzo de los diferentes flujos de proceso de la información.

 
 ModestR
 

ModestR es un software destinado a proporcionar una herramienta para crear, gestionar y analizar datos de distribución de especies. Comprende tres aplicaciones:  MapMaker, DataManager y MRFinder.  

MapMaker ofrece un entorno de uso muy sencillo e intuitivo que permite crear mapas de distribución de especies a partir, entre otros, de datos de GBIF, de archivos CSV, shapefiles. Permite también crear/modificar directamente un mapa. Distingue automáticamente entre diversos hábitats, ayudando a identificar registros incorrectos gracias a funciones de data cleaning automatizadas. Permite además aplicar transformaciones a los mapas como el cálculo del EOO (Extent Of Occurrence) usando convex hull, alpha shape o kernel density, y la integración y manipulación de datos medioambientales.

DataManager es un gestor de bases de datos de ModestR, que contienen datos distribución de especies. Permite gestionar y analizar de manera sencilla miles de mapas. Organiza la información en base a una estructura taxonómica, y permite muchas de las operaciones soportadas por MapMaker (cleaning, hulling, importación/exportación), pero es capaz de aplicarlas a todo un conjunto de mapas en una sola operación. DataManager permite además importar y exportar datos de manera sencilla para intercambiarlos con otras aplicaciones como hojas de cálculo, paquetes estadísticos (notablemente R), SDM’s, etc. Puede además generar diversos análisis a partir de los datos de distribución, integrando además datos medioambientales.

MRFinder es una aplicación que permite interrogar de manera sencilla y visual una base de datos de ModestR para averiguar qué especies están presentes en una o varias zonas. MRFinder permite el uso de selecciones predefinidas (por ejemplo áreas administrativas), la aplicación de diversos filtros sobre las especies encontradas en una zona, y la exportación de datos en diversos formatos.

Actualmente ModestR está disponible para Microsoft Windows XP/Vista/7/8 de 64bits.

ModestR está disponible en http://www.ipez.es/ModestR/

 
 GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT)
 

El Secretariado Internacional de GBIF lanza la plataforma de software libre: Integrated Publishing Toolkit (IPT). Uno de los retos de GBIF es eliminar toda barrera a la hora de publicar datos. El nuevo IPT ofrece una interfaz sencilla para publicar datos de biodiversidad en internet.

Más información general sobre la herramienta en http://www.gbif.org/ipt

Además, en https://code.google.com/p/gbif-providertoolkit/ podrás encontrar información técnica detallada que incluye las pautas para la descarga y la instalación.

IPT de GBIF España: http://www.gbif.es:8080/ipt/

 
 
 
  
Imágenes
 

Las nuevas técnicas de informatización de colecciones de Historia Natural y de enriquecimiento de las bases de datos existentes, pasan por la toma de imágenes digitales de los especímenes.

La utilización de imágenes digitales ofrecen muchas VENTAJAS:

  1. Pliego de herbarioFácil manejo y distribución: los archivos de imágenes pueden transportarse y almacenarse fácilmente, ya sea en CD, DVD o a través de Internet.
     
  2. Desagregación de los procesos de informatización de colecciones. No es necesario que el proceso de informatización se realice en la misma colección, ni que se produzca traslado de ejemplares: la toma de imágenes puede realizarse en la colección, y el procesado de éstas en otro lugar distinto.
     
  3. Acceso a gran cantidad de información sin necesidad de acudir a la colección ni manejar el especimen. Hay muchos estudios que podrían realizarse a partir de fotografías digitales, evitando los costes y el posible deterioro de los ejemplares derivados de préstamos y transportes. Este punto es especialmente importante cuando hablamos de material tipo, colecciones históricas o en un estado de conservación delicado.
     
  4. Libera a los conservadores y al personal asociado a la colección de parte de la tarea derivada de la gestión de préstamos y consultas, que pueden dedicar este tiempo a labores de conservación e investigación.
     
  5. Ahorra a los investigadores la necesidad de desplazarse hasta la colección para realizar comprobaciones que pueden realizarse a partir de la imagen digital.
     
  6. Facilita la corrección y actualización de los datos relativos a los especímenes y de las bases de datos asociadas a las colecciones, sin necesidad de acceder de nuevo a los especímenes sino a sus imágenes correspondientes.
     
  7. Posibilita la repatriación de información de alta calidad a los paises de origen de los datos, que pueden disponer de "colecciones virtuales" de los especímenes recolectados en sus territorios.
     
  8. y un largo ecétera.
 


A continuación se presentan algunas de las iniciativas existentes sobre las que, por su envergadura o especiales caracterísiticas, cabe hacer especial mención:

La Iniciativa E-Type

Esta ambiciosa iniciativa del Harvard College pretende crear un catálogo electrónico, accesible vía web, de todos los especímenes tipo para su utilización por parte de taxónomos y especialistas de todo el mundo. Para ello mantienen una completa guía on-line sobre la informatización de tipos y la captura de datos diagnósticos en formato digital.

Parte de los frutos de este esfuerzo ya pueden consultarse en el catálogo on-line de las colecciones de insectos del caribe o los tipos de la colección MCZ.

New York Botanical Garden

El Jardín Botánico de Nueva York es una de las instituciones pioneras en lo que a creación y acceso a "herbarios virtuales" se refiere. Actualmente contiene unos 800.000 especímenes digitalizados, con unas 120.000 imágenes de alta resolución, disponibles a través de un sistema de búsqueda.

Zoological Museum Amsterdam

El Museo Zoológico de Amsterdam, en colaboración con el Nodo Nacional de GBIF en Holanda, y con el apoyo técnico de ETI Bioinformatics, ha desarrollado un proyecto de digitalización de especímenes tipo en tres dimensiones (3D), cuyos primeros frutos -una colección de aves- ya pueden consultarse via web. Este singular sistema permite rotar los especímenes y verlos desde cualquier ángulo.

Centro para la Biodiversidad y la Conservación (CBC)

El Centro para la Biodiversidad y la Conservación del Museo Americano de Historia Natural ha desarrollado un sitio web para promover el uso de imágenes y tecnologías de teledetección, centrado sobre temas de conservación de la biodiversidad. Dispone de tutoriales desde los principios básicos hasta el tratamiento avanzado de imágenes.

Aluka

Aluka es una iniciativa sin ánimo de lucro, cuya misión consiste en crear una biblioteca digital de recursos académicos del mundo en vías de desarrollo y acerca de éste para contribuir a la investigación y a la enseñanza en todo el mundo. Inicialmente se centrará en África. Aluka es uno de los proyectos de la Fundación Mellon, The Andrew W. Mellon Foundation, que se estableció para acelerar los usos productivos de las tecnologías de la información en beneficio de los estudios superiores en todo el mundo.

 

Aparte de las ya citadas, existen multitud de iniciativas por todo el mundo para tomar imágenes digitales de los especímenes de colecciones de historia natural: algunas de ellas son muy significativas, como el proyecto de digitalización del herbario de tipos de Linneo.


Por supuesto, también existen INICIATIVAS ESPAÑOLAS en esta dirección, entre las que destacan:

   
 
GBIF y las imágenes digitales
 

El portal internacional de datos de GBIF muestra en sus consultas, imágenes digitales de algunos táxones gracias a la colaboración del instituciones como el "Botanic Garden and Botanical Museum Berlin-Dahlem (BGBM)", o el herbario de la Universidad de Zürich (Z+ZT).

Desde GBIF.ES ofrecemos el Servicio de Alojamiento y Publicación de Imágenes, por el cual los proveedores de datos de la red de GBIF tienen la posibilidad de alojar y/o publicar imágenes de alta resolución en Internet. Algunos ejemplos de proveedores que ya están utilizando este servicio se pueden consultar aquí.

 
 
metodología


He aquí algunas fuentes a consultar a la hora de proponer o encarar proyectos de toma de imágenes digitales de especímenes:

  1. Portada del manual de buenas prácticas de ENBI La RED EUROPEA DE INFORMACION SOBRE BIODIVERSIDAD ENBI incluyó en su paquete de trabajo 6 (Co-operation of pan-European databases on biological collections and specimens) distintas iniciativas relacionadas con el uso de imágenes digitales de especímenes en las colecciones de historia natural. Entre los resultados obtenidos están:
     
    • En marzo de 2004 se realizó en Stuttgart (Alemania) un taller sobre técnicas y desafíos del uso de imágenes digitales de tipos biológicos.
       
    • A finales de 2005 ha sido publicado un manual de buenas prácticas en el uso de imágenes digitales de tipos biológicos. Dentro de las contribuciones realizadas en este manual, destaca la de Arturo H. Ariño y David Galicia sobre el uso de imágenes digitales aplicado a estudios taxonómicos (capítulo 11). El manual completo está disponible para su descarga pulsando aquí.
       
  2. Dentro del TAXONOMIC DATABASE WORKING GROUP (TDWG) existe un grupo de trabajo enfocado hacia el uso de imágenes en el ámbito biológico. Entre las actividades realizadas, está el mantenimiento de una WiKi como punto de discusión y de publicación de ideas.
     
  3. El NEW YORK BOTANICAL GARDEN ha publicado una guía de procedimientos y recomendaciones a la hora de digitalizar y archivar pliegos de especímenes tipo (en inglés). Incluye recomendaciones muy variadas, desde el equipo necesario para realizar estos procedimientos y su configuración, el control de la iluminación, etc.
     
  4. Las páginas web de la INICIATIVA E-TYPE también contienen mucha información sobre protocolos, consideraciones y metodología, a la hora de realizar la captura de imágenes con cierto detalle.
     
  5. La Unidad de coordinación de GBIF en España organiza de manera periódica cursos de formación sobre imágenes digitales para estudios de biodiversidad, donde se estudian las técnicas de captura, manejo y publicación en internet de imágenes digitales de especímenes de colección y de otras imágenes relacionadas con proyectos de investigación en biodiversidad: láminas, preparaciones microscópicas, etc. Además, se muestra también el Servicio de Alojamiento y Publicación de Imágenes de GBIF.ES. Visite la sección de formación del portal de GBIF.ES para estar puntualmente informado de próximas convocatorias.
  
 
Datos sensibles
 
 Definición


Difuminado de coordenadasEn el contexto de GBIF, denominamos "DATOS SENSIBLES" (en ingles, sensitive data) a aquellos datos de localización de taxones que sería problemático divulgar sin protección. Esta situación puede darse en múltiples contextos:

  • Información sobre táxones raros, en peligro o protegidos por algún tipo de legislación.
     
  • Táxones con valor comercial.
     
  • Táxones o hábitats vistosos o frágiles (Ej: orquídeas, lugares de nidificación/cría, etc.).
     
  • Datos sobre los que se ha solicitado ocultar la información geográfica (Ej: por petición del dueño del terreno).
     
  • Datos de los que se obtiene un beneficio económico.

En otro orden de magnitud, también pueden considerarse datos "temporalmente" sensibles a aquellos que:

  • Están esperando para ser publicados.
     
  • Están siendo utilizados en investigaciones actuales.

El concepto de información sensible, como sucede con otros relacionados como el concepto de endemicidad o rareza, está muy ligado al área geográfica al que nos circunscribamos: lo que en un área determinada pueda considerarse información sensible, en otra área puede estar considerada información de libre distribución. Este hecho adquiere especial relevancia cuando hablamos de duplicados de especímenes almacenados en otras colecciones de historia natural distintas de la original, o simplemente en datos publicados desde fuera del ámbito de influencia de la restricción, legislación, etc.

 
 La inclusión en GBIF de datos sensibles


La publicación de datos sensibles en la red de GBIF pasa necesariamente por un proceso de difuminado o eliminación de la información geográfica que acompaña a los registros.

Lo más importante a tener en cuenta a la hora de publicar datos, sea cual sea el método utilizado para enmascarar esta información, es documentar el proceso realizado y avisar a los posibles usuarios de que los datos disponibles para su consulta no son los originales. Publicando estos datos "difuminados" hacemos ver a los usuarios que la información existe, pero retenemos la capacidad de evaluar de manera individual la conveniencia de distribuir información más detallada.

 
 ¿Cómo gestionar estos datos?


El PRIMER PASO a dar es determinar qué registros son los que consideramos sensibles en nuestro ámbito. En el caso de España, es fundamental conocer la legislación internacional, nacional y autonómica aplicable:

Legislación ambiental europeaLegislación internacional

Legislación nacional

Legislación autonómica

El SEGUNDO PASO es definir qué método de protección vamos a emplear para tratar esos datos:

  1. Eliminar la información geográfica totalmente: tanto la descripción de la localidad como las coordenadas geográficas (si las tiene) del lugar de recolección o avistamiento.
     
  2. Eliminar la información geográfica parcialmente. Para ello se pueden utilizar distintos métodos:
    1. Redondear las coordenadas hasta un número determinado de decimales (Ej: utilizar cuadrículas que definan al menos un área de 10x10Km).
    2. Eliminar el contenido de los campos más detallados de la descripción de la localidad (Ej: dejar tan sólo la información del país, la provincia o el municipio).
       
  3. Difuminar los datos geográficos: de manera que aunque se mantenga la precisión de la cita original, no coincida exactamente con el punto de recolección/avistamiento. Se están desarrollando herramientas para automatizar la tarea que cuando estén disponibles, serán publicadas en este espacio.

POR ÚLTIMO, y como hemos dicho al inicio del documento, es fundamental indicar a modo de nota el tipo de proceso que han sufrido los registros con avisos como:

  • Este especimen pertenece a una especie amenazada o en peligro. La información sobre la localidad específica de recolección ha sido eliminada del registro publicado en internet para proteger a la especie de la recolecta indiscriminada. Los datos eliminados pueden suministrarse a investigadores bajo demanda.
     
  • Este especimen pertenece a una especie amenazada o en peligro. La información geográfica que acompaña al registro ha sido degradada hasta una cuadrícula de 10x10Km. Los datos originales pueden suministrarse a investigadores bajo demanda.
 
 Talleres GBIF sobre Gestión de Datos Sensibles


La Unidad de Coordinación de GBIF en España ha organizado varios cursos sobre esta temática en los que se trataba principalmente la cuestión de cómo gestionar la información que se publica en Internet para proteger las especies amenazadas o protegidas por la legislación. También se discutieron otros aspectos que convierten en sensibles los datos.

En la página web del taller http://www.gbif.es/formaciondetalles.php?IDForm=44 están disponibles todos los materiales que se utilizaron durante el desarrollo del mismo: presentaciones, documentación adicional, ejercicios prácticos, resumen del debate mantenido, así como los videos de las sesiones teóricas (http://www.gbif.es/videos/videos.php). También se realizó en 2012 una versión en línea del mismo curso: http://elearning.gbif.es/AContent/home/course/content.php?_cid=194

 
 Documentos disponibles


Si desea obtener más información, el Secretariado de GBIF en Copenhague ha publicado varios documentos de interés relacionados con los datos sensibles:

  1. Encuestas GBIF en SurveyMonkeyEn marzo del 2006, se llevó a cabo una encuesta para evaluar lo que los proveedores de información sobre biodiversidad consideraban información sensible, y los métodos que hasta el momento se habían abordado a la hora de gestionar este tipo de información. Existe un informe sobre los resultados de esta encuesta en:

    Questionnaire on Dealing with Sensitive Primary Species Occurrence Data (Archivo .PDF, 567 Kb).
      
  2. Tras el análisis de los resultados de esta encuesta y de otras iniciativas afines, se confeccionó un informe sobre la gestión de datos sensibles de localización de especies:

    Report - Dealing with Sensitive Data (Archivo .PDF, 530 Kb).
      
  3. El proceso finalizó con la elaboración de una guía de buenas prácticas. El propósito de este documento es ser un modelo de referencia para instituciones, proveedores de datos y nodos de GBIF a la hora de que éstos elaboren sus propias guías.

    Guide to best practices for generalising primary species occurrence data (Archivo .PDF, 558 Kb).

 

English

Herramientas para georreferenciar

 GEOLocate

GEOLocate tiene como objetivo facilitar la asignación de coordenadas geográficas asociadas a las localidades de las colecciones de historia natural. Se trata de una aplicación capaz de entender las cadenas de texto que contienen las descripciones de las localidades y asignarles o proponer unas coordenadas geográficas. Entre otras particularidades es capaz de asignar coordenadas a intersecciones de carreteras y redes hidrológicas.

Durante los dos últimos años se ha colaborado desde GBIF.ES con los programadores de esta herramienta (The Tulane University Museum of Natural History) para dotar a la aplicación de las listas de topónimos y de las capas geográficas para optimizar las capacidades de la herramienta a las localizaciones españolas. Una vez que es necesario que la aplicación “entienda” la descripción de la localidad se la ha dotado de diccionarios en castellano, vasco, gallego y catalán a parte del inglés que viene por defecto.

Vea también:

geolocate

 Earth Point - Malla geográfica sobre Google Earth

Una de las características que ofrece Earth Point es poder georreferenciar puntos de muestreo utilizando una malla geográfica, Lat/Lon, UTM, UPS, MGRS y USNG, que se visualiza sobre Google Earth hasta de 1 metro de resolución en cualquier parte del mundo. Para ello es recomendable realizar una subscripción de pago en función de los usuarios aunque existe también la posibilidad de utilizar la herramienta de manera gratuita. Es imprescindible tener instalado Google Earth.

http://www.earthpoint.us/Grids.aspx

geolocate

Herramientas para "mapear"

Herramientas para ver en un mapa la localización de datos sobre biodiversidad

Software para descargar:
   
  • C-squares mapper
    El c-squares mapper del CSIRO Marine Research (CMR) es una utilidad PERL. Las latitudes y longitudes se convierten a c-squares, que son teselas georeferenciadas (cuadrados) que representan porciones identificables de la superficie terrestre.
    Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation (CSIRO), Australia.

    http://www.marine.csiro.au/csquares/
CSIRO Marine Research Logo
  • DIVA-GIS
    DIVA-GIS es un sistema de información geográfica (SIG) gratuito. Se puede utilizar para crear mapas de distribución de especies, mapas de malla de la distribución de la diversidad biológica y predecir la presencia de especies en base al clima, utilizando los modelos BIOCLIM o DOMAIN.

    Descarga: http://www.diva-gis.org/
Logo DIVA-GIS
  • gvSIG
    gvSIG es una herramienta orientada al manejo de información geográfica. Se caracteriza por una interfaz amigable, siendo capaz de acceder a los formatos más usuales de forma ágil tanto ráster como vectoriales. Integra en una vista datos tanto locales como remotos a través de un origen WMS, WCS o WFS.

Descarga: http://www.gvsig.com/

gvsig
  • Geobide Map
    Geobide Map es el componente de visualización de datos geográficos de la suite Geobide. Se caracteriza por su facilidad de utilización y su capacidad para acceder de forma ágil a múltiples fuentes de datos, vectoriales y ráster, y también a datos de servicios OGC (WMS, WFS). Contiene además una galería de mapas base personalizable que ofrece los más conocidos y utilizados (Google Maps, Bing, OpenStreetMap, ESRI…).

    Permite crear mapas profesionales de calidad y elaborar cartografía temática. Incorpora una potente herramienta para la generación automática de series cartográficas.

Descarga: http://www.geobide.es/geomap/

  • Google Earth
    Google Earth te permite desplazarte a cualquier lugar de la Tierra para ver imágenes de satélite, mapas, relieve y edificios en 3D e incluso explorar galaxias del firmamento. Puedes recorrer contenido geográfico muy variado, guardar los lugares que visites y compartirlos con otros.

Descarga: http://earth.google.es/

google earth
  • Google Maps
    Es un servidor de aplicaciones de mapas en Web. Ofrece imágenes de mapas desplazables, así como fotos satelitales del mundo entero e incluso la ruta entre diferentes ubicaciones.

Descarga: http://maps.google.es/

google maps

Aplicaciones On-line:
   
logo Canadá
  • geo:truc

    Herramienta para obtener las coordenadas de cualquier dirección o punto en el mapa. Convierte entre coordenadas en grados decimales y grados, minutos y segundos. Pon etiquetas de localización a tu blog, página web o RSS.

    http://www.geotruc.net/?hl=es_ES

logo geo:truc
 
 
Guías de recursos geográficos  

GEOteca

La página web de GEOteca (guía de recursos geográficos) ha sido desarrollada por profesores y alumnos de la Universidad Autónoma de Madrid en el contexto de los Programas de Innovación Docente. Recoge referencias a información geográfica que se puede encontrar en Internet:

  • Publicaciones digitales geográficas y medioambientales, licenciaturas, departamentos, sociedades, bibliografía...
  • Sistemas de Información Geográfica (SIG) españoles en Internet.
  • Recursos internacionales.
  • Imágenes de satélite de España y software para su tratamiento.
  • Servidores de datos estadísticos, locales, provinciales, regionales, nacionales e internacionales, sobre población, recursos productivos recursos naturales, documentación, bibliografía etc.

Su página web: http://www.uam.es/docencia/geoteca/geoteca.html

Logo Geoteca

EDIT Geoplatform

El principal objetivo de la Geoplataforma del Museo Nacional de Ciencias Naturales (MNCN) en colaboración con el European Distributed Institute of Taxonomy (EDIT) es proporcionar los recursos geográficos necesarios como las capas de datos GIS de Europa, visores de mapas, unidades de superficie, variables ambientales y bases de datos con información biológica y ambiental para que los taxónomos sean capaces de elaborar análisis espaciales y preparar sus propios mapas.

Página web: http://edit.csic.es/GISdownloads.html

edit geoplataforma
 
 
Códigos y límites para países y subdivisiones de países (ISO 3166)

A la hora de realizar migraciones de datos es muy importante adscribirse a denominaciones y codificaciones aceptadas internacionalmente para posibilitar posteriores intercambios de datos y la compatibilidad con iniciativas globales.

  1. Listado de códigos ISO 3166: códigos y nombres (en inglés y francés) según la norma ISO 3166-1 (para países) y ISO 3166-2 (para países y subdivisiones).
    http://www.iso.org/iso/home/standards/country_codes.htm
     
  2. Tabla MS Access® de países con los códigos ISO 3166-1 de dos y tres letras, y los nombres en español: Paises.zip (archivo .ZIP, 21 Kb - Actualizado 12-02-2007).
     
  3. Tabla con los códigos para subdivisiones de países (estados, departamentos, provincias, etc.) tal y como son definidos en el estándar ISO 3166-2 (60 países): Provincias.zip (archivo .ZIP, 45 Kb).
     
  4. Base de datos mundial con los límites administrativos - GADM. GADM es una base de datos espacial que contiene la ubicación de las áreas administrativas del mundo (o fronteras) para su uso en SIG y software similar. Contiene información de los límites entre países pero también los límites de subdivisiones menores como provincias, departamenteos, condados, etc. Los datos están disponibles como shapefile, ESRI Geodatabase, RData y Google Earth formato KMZ. Los archivos Shape se pueden utilizar para la mayoría de mapas y software "SIG". Los datos se pueden descargar por país o de todo el mundo.

 

 

Servicios de toponímia en Internet

Servicios para georreferenciar registros, que permiten buscar y visualizar topónimos en un mapa.

Toponimia Española
   
  • Toponimia de Cataluña (ICC):
    El Instituto Cartográfico de Cataluña (ICC) pone a disposición de los usuarios de manera gratuita, mapas a distintas escalas (desde 1:5.000 a 1:50.000), y un servicio de búsqueda de nombres para localidades catalanas.

    http://www.icc.es/
Logo Institut Cartogràfic de Catalunya
gobierno vasco
  • Toponímia de Galicia del SITGAWEB (Xunta de Galicia, SITGA):
    Actualmente en desarrollo y accesible únicamente vía Intranet para el personal de la Sociedad para el Desarrollo Comarcal de Galicia. Toponímia a escala 1:25.000.
    Servicio de Información Territorial de Galicia

    http://www.cetadec.net/sitga/sitga.htm
Logo SITGA
  • La Infraestructura de Datos Espaciales de España (IDEE) tiene como objetivo el integrar a través de Internet los datos, metadatos, servicios e información de tipo geográfico que se producen en España, a nivel nacional, regional y local, facilitando a todos los usuarios potenciales la localización, identificación, selección y acceso a tales recursos, a través del geoportal www.idee.es.

Para ello se ofrecen varias aplicaciones, que incluyen un visualizador de información geográfica, que permite componer mapas superponiendo información de diferentes proveedores, un catálogo de datos y servicios, para obtener información sobre datos y servicios geográficos que se producen en España, un buscador de nombres geográficos, que facilita la localización de topónimos, y la posibilidad de descargar datos geográficos.

logo

Toponimia Internacional

   
Logo BGN
  • BioGeoMancer
    Puede cortar y traducir topónimos en lengua inglesa en el corespondiente par de coordenadas (latitud/longuitud). Proporciona estimaciones de desvío según la distancia y dirección al topónimo más próximo. Aplicación online.
    Informatics Biodiversity Research Center, University of California at Berkeley, EE.UU.

    http://biogeomancer.org/

Logo BioGeoMancer
Logo
Logo USGS
  • INSPIRE es una iniciativa lanzada por la Comisión Europea cuyo objetivo es hacer disponible información geográfica relevante, homogénea y de calidad.

INSPIRE quiere poner en movimiento la creación de una Infraestructura de Datos Espaciales Europea que ponga a disposición de los usuarios servicios integrales de información espacial, enlazados por protocolos y estándares comunes. Los servicios deben permitir identificar y acceder información geográfica desde un amplio rango de recursos, tanto a nivel local como global, y de forma interoperable y versátil. Algunos servicios posibles serían la visualización de capas temáticas, superposición de información procedente de fuentes diferentes, análisis temporales y espaciales etc.

En Europa, INSPIRE GEO-PORTAL es el punto de acceso por Internet a los datos espaciales y servicios relacionados (prototipo experimental). Su dirección es http://www.inspire-geoportal.eu/.

logo inspire
  •  Global Spatial Data Infrastructure (GSDI)
    La asociación GSDI es una organización de organizaciones, agencias, compañías y particulares de todo el mundo. El objetivo de esta organización es promocionar la cooperación y la colaboración internacional para apoyar el desarrollo local, nacional e internacional de infraestructuras de datos espaciales, que permitirá a las naciones abordar cuestiones sociales, económicas o medioambientales de suma importancia.

http://www.gsdi.org/

Logo GSDI
  • Ver espacialmente los datos puede ayudar a detectar y eliminar errores, aumentando la calidad de los mismos. Algunas de estas herramientas -comúnmente denominados sistemas de información geográfica (SIG o GIS en inglés)- tienen además funciones analíticas que permiten predecir distribuciones.

Entre las iniciativas internacionales que están en desarrollo actualmente, GEOSS, el Sistema Global de Sistemas de Observación Terrestre (Global Earth Observation System of Systems) es uno de los más importantes. Se trata de un esfuerzo de colaboración internacional, coordinado por la Agencia de Protección Medioambiental estadounidense, que pretende reunir las distintas iniciativas de software y hardware actuales y futuras, y ponerlas a disposición pública sin coste alguno.

GEOSS, que puede verse como homólogo a GBIF en el campo de la información geográfica, está destinado a convertirse en un elemento clave que permitirá realizar grandes avances en el análisis y el uso de la información sobre biodiversidad, al hacer disponer grandes conjuntos de datos y las herramientas necesarias para realizar estudios a gran escala.

http://www.epa.gov/geoss/

GEOSS Logo

 

Documentación genérica de utilidad en estos temas:


Transformación de coordenadas y datum

Transformación desde distintos sistemas de referencia, proyecciones cartográficas y datums a coordenadas geográficas.
     
Una de las operaciones más comunes a realizar con datos georreferenciados es la transformación entre distintos tipos de coordenadas. Puede acceder a un pequeño tutorial sobre transformación de coordenadas aquí.
 
  • Geobide Converter
    Conversor universal entre formatos geográficos y sistemas de referencia geodésicos de la Suite Universal Geobide. Su amigable interfaz, su velocidad de transformación y su facilidad de utilización hacen de GeoConverter la herramienta perfecta para la homogeneización de datos geográficos de orígenes diversos. La gran potencialidad de Geoconverter es que también transforma modelos de datos y formatos. Además, GeoConverter permite adecuar los datos a las especificaciones de la normativa INSPIRE.
    Asociada a esta herramienta se encuentra Geomap. Este visor permite la visualización y por lo tanto la comprobación de que los resultados son consistentes geográficamente. Geomap es también capaz de visualizar el formato GML 3.2.1 requerido por INSPIRE.

    Descarga de la versión gratuita: http://www.geobide.es/geoconverter/
Logo EOSGIS
Logo NGIA
Logo Manis
Modelos predictivos de distribución
 Intentan predecir el comportamiento futuro a partir de los datos disponibles
    

El objetivo principal de la aplicación Lifemapper es proporcionar mapas de distribución y modelos predictivos. Los mapas son generados utilizando algoritmos genéticos para la producción de conjuntos de reglas (Genetic Algorithm for Rule-set Production, GARP) mediante correlación entre la ocurencia de una especie (->Proyecto The Species Analyst) y la información ambiental (temperatura, precipitación, uso de suelo, altitud, etc.).
Ya pueden consultarse los mapas con los datos reales recogidos y los generados con los modelos predictivos.
Biodiversity Research Center, Univ. Kansas, EE.UU.

http://www.lifemapper.org/

Logo LifeMapper
  • Distribución de especies y la bioinformática para la conservación

Liras, E., Cabello, J. & F. J. Bonet, 2008, “Bioinformática para la conservación de la flora”, Conservación Vegetal, 12: 6-9.

Este artículo proporciona información clara y actualizada sobre las técnicas de modelado de nicho ecológico y de generación de modelos de distribución potencial. Se hace énfasis en su aplicación en el campo de la conservación de la flora y en escenarios de cambio climático. Y se hace referencia a redes de biodiversidad como GBIF.

imagen

DesktopGarp es una aplicación informática basada en algoritmos genéticos que permite predecir y analizar la distribución de las especies.

http://www.nhm.ku.edu/desktopgarp/

desktop garp

Esta aplicación basada en una distribución probabilística de máxima entropía genera modelos de distribución de especies

http://www.cs.princeton.edu/~schapire/maxent/

  • GEODA - An Introduction to Spatial Data Analysis.

GeoDa es una aplicación diseñada para el análisis espacial de datos que resulta muy útil al trabajar con modelos de nicho ecológico.

http://geodacenter.asu.edu/software/downloads

geoda

WorldClim es una base de datos mundial de variables climáticas que puede ser utilizada en programas de modelado de nicho ecológico.

http://www.worldclim.org/

Guías GBIF y otros recursos recomendados
 
BioGeomancer: Guía para la Georreferenciación

georeferencing   

Esta guía es uno de los resultados del proyecto BioGeomancer y en ella se discuten en profundidad las mejores prácticas para la georreferenciación de datos de especies. Esta publicación contiene ejemplos de cómo georreferenciar un amplio rango de tipos de localidades y provee información y ejemplos de cómo calcular la extensión y máxima distancia para localidades basados en la información proporcionada.

Fecha de publicación: 22 Agosto 2006.

Autores: Arthur D. Chapman y John Wieczorek.

URL: http://www.gbif.org/resources/2809

 
 
 Principios sobre Calidad de Datos
data
  

La calidad de los datos y los errores que puedan cometerse en los datos son a menudo temas descuidados en bases de datos ambientales, sistemas de modelado, SIG, etc. Demasiadas veces los datos son usados sin pensamiento crítico ni considerando los errores que puedan contener, llegando así a resultados incorrectos, información errónea, toma de decisiones poco prudentes e incremento de costes. Esta publicación se centra en estos temas y discute un buen número de principios sobre calidad de datos a seguir por las colecciones de historia natural antes de publicar sus datos a redes mayores.

Fecha de publicación: 17 Agosto 2005.

Autor: Arthur D. Chapman.

URL: http://www.gbif.org/resources/2829

 
 
Principios y Métodos para resolver errores en los datos

data cleaning
  

Este documento examina los métodos para prevenir así como detectar y limpiar errores en las bases de datos de colecciones de historia natural. Aquí se presentan las guías, métodos y herramientas que pueden ayudar a las colecciones a la hora de digitalizar, documentar y validar información. Pero primero, establece una serie de principios básicos que deben ser seguidos en cualquier procedimiento de limpieza de datos.

Fecha de publicación: 17 Agosto 2005.

Autor: Arthur D. Chapman.

URL: http://www.gbif.org/resources/2833

 
 
Usos de datos de presencia de especies
 
occurrence   

Este artículo revisa los usos de los datos sobre presencia de especies en investigación, educación y otras áreas de desarrollo humano y proporciona ejemplos de estos usos. La publicación no sólo revisa datos observacionales sino también datos procedentes de colecciones de museos y herbarios, los cuales representan almacenes de información a largo plazo y cuyos datos están casi sin explotar.

Fecha de publicación: 17 Agosto 2005.

Autor: Arthur D. Chapman.

URL: http://www.gbif.org/resources/2834

 
 
Guía de mejores prácticas en datos sensibles
 
sensitive   

Esta guía con las mejores prácticas para generalizar datos sensibles proporciona la clave a los proveedores de datos a la hora de determinar si una especie debe considerarse sensible así como su grado de sensibilidad. Además, proporciona guías para la correcta redacción que se debe utilizar en documentación, métodos para generalizar los datos tanto espaciales como no espaciales.

Fecha de publicación: 31 March 2008.

Autores: Arthur D. Chapman y Oliver Grafton.

URL: http://www.gbif.org/resources/2760

 
 
Importancia de las observaciones de organismos
 
observations   

Las obserbvaciones que se hacen de la naturaleza son la base de los estudios ecológicos, los cuales utilizan estas observaciones para establecer patrones en la naturaleza y en la conservación de la biodiversidad. Los datos observacionales son el princpal componente de los "datos de biodiversidad primaria".

Fecha de publicación: 09 Octubre 2008.

Autor: Steve Kelling.

URL: http://www.gbif.org/resources/2761/strong>

 
 
Comentarios sobre datos observacionales de biodiversidad
 
  

Comentarios a cerca de los datos observacionales publicado por la Universidad de Turku, Finlandia.

Fecha de publicación: 2005

Autores: Jukka Salo, Marja Vieno, Tuuli Toivonen, Ilari E. Sääksjärvi, Riitta Kumpulainen y Sanna Kaisa Juvonen.

URL: http://enbi.utu.fi/Documents/lcc9_observations_on_obsdata%2B%2B.pdf

 
 
Informes de datos de biodiversidad y GBIF.ES
 

Se hacen públicos dos informes hasta ahora de distribución restringida cuyo objetivo es dar a conocer qué datos se publican en GBIF.ES y su uso potencial. Estos documentos son relevantes para conocer las políticas de digitalización y para poner en contexto la información disponible en España.

 
Razones para informatizar
 
razones   

Autor: Francisco Pando

La elaboración de bases de datos es una labor costosa cuyos resultados no se obtienen sino a largo plazo. Es por ello que su rentabilidad debe plantearse desde la perspectiva de la utilidad. Al iniciar la informatización de una colección, es necesario plantear de manera cuidadosa unos objetivos a conseguir y cómo la base de datos que pretendemos elaborar los va a cumplir. No hacerlo así es tirar tiempo y dinero.

De la experiencia adquirida en la información de colecciones de nuestro centro, sabemos que la parte más costosa del proceso de informatización es la relacionada con el trasiego del material entre el depósito y el ordenador, tanto para la introducción de los datos como para su corrección. Por esta razón es mejor proceder a informatizar las colecciones de manera completa por grupos taxonómicos, a informatizarlas parcialmente en su conjunto.

La informatización de un herbario, a nuestro entender, debe cubrir tres objetivos:

    1. Contribuir a explotar de una manera más completa la información que contiene. Esto es especialmente deseable en los campos de la Ecología, Fenología, Historia, Nomenclatura y estudios de impacto ambiental.
    2. Proteger el material conservado. Para una parte considerable de las consultas no se hace necesario la manipulación del material o bien esta se reduce considerablemente.
    3. Contribuir a la gestión del herbario en tareas tales como el etiquetado y confección de listas de envío e intercambio.

El sistema que hemos desarrollado y usamos (HERBAR) cumple de una manera razonable los objetivos mencionados. Uno de los peligros que se corre en la confección de una base de datos de herbario es que el esfuerzo que supone su realización sea desproporcionado en relación al uso que se va a hacer de la misma. Por este motivo, resulta especialmente interesante ligar la informatización de colecciones a proyectos de investigación en curso que, de alguna manera, precisen de la información contenida en las mismas. De este modo la utilidad del trabajo es patente y se consolida la viabilidad del mismo.

Por último, indicar que para el éxito de una base de datos de herbario es necesario integrar el crecimiento y mantenimiento de la misma en la rutina de trabajo del herbario. Un paso importante en este sentido es conseguir que los recolectores que aportan más material al herbario utilicen una base de datos semejante a la del herbario para etiquetar y llevar el registro de su material.

Tratar de abordar la informatización del herbario como una acción extraordinaria, limitada en el tiempo, implica que, cuando las colecciones crezcan, las bases de datos dejan de ser representativas de las mismas. Al diferir la información contenida en el herbario y en la base de datos, esta última pierde interés y se abandona.

URL: http://www.gbif.es/videos/video_detall.php?IDVideo=53

 

 

  

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