HERBAR es el nombre del software para informatizar y gestionar colecciones botánicas recomendado y apoyado por el nodo español de GBIF. Es un programa muy completo, con multitud de funciones y disponible en varios idiomas.

Es la aplicación estándar de la AHIM (Asociación de Herbarios Ibero-macaronésicos) y se utiliza de manera regular en decenas de instituciones españolas para la gestión de herbarios y bancos de germoplasma.

Para obtener más información sobre HERBAR, visite su página web:

http://www.gbif.es/herbar/herbar.php

ZOORBAR es software para informatizar y gestionar colecciones de historia natural recomendado y apoyado por el nodo español de GBIF. Su flexible sistema de atributos permite su adaptación a las características particulares de cualquier colección biológica.

Esta aplicación está teniendo una interesante implantación en la comunidad zoológica española, y varias importantes instituciones ya gestionan sus colecciones de historia natural con ZOORBAR.

Para obtener más información sobre ZOORBAR, visite su página web:

http://www.gbif.es/zoorbar/zoorbar.php

Herbar-Zoorbar Ligero es una aplicación para informatizar y gestionar colecciones tanto botánicas como zoológicas. Tiene como objetivo facilitar el intercambio de información entre los usuarios que informatizan el material biológico y la colección principal a través de tablas de Entrada rápida, sin necesidad de que los primeros se instalen la versión completa de Herbar 3.5 o Zoorbar.

Para obtener más información sobre HZL, visite su página web:

http://www.gbif.es/hzl/hzl.php

BIBMASTER es una aplicación de bases de datos para gestión de información sobre biodiversidad, haciendo especial hincapié en la información bibliográfica y nomenclatural. Está recomendada y apoyada por el nodo español de GBIF.

Este programa permite la gestión de bibliografías, autores, palabras clave, nomenclatura, check-lists, listas de material, etiquetas de herbario, ilustraciones e información a nivel de taxon.

Importantes iniciativas nacionales utilizan BIBMASTER para gestionar su información, como los proyectos Flora iberica, o Flora Micológica Ibérica.

Para obtener más información sobre BIBMASTER, visite su página web:

http://www.gbif.es/bibmaster/bibmaster.php

DARWIN TEST es una aplicación para la validación y comprobación de los registros de Darwincorev2 o Darwincore14 (estándar Darwin Core versión 1.2 o Darwin Core versión 1.4, para el intercambio de información de especimenes y observaciones de colecciones de historia natural)

Se recomienda comprobar los datos de Darwincorev2 o Darwincore14 utilizando el programa DARWIN TEST para detectar posibles problemas, como paso previo a su publicación para su consulta en internet a través de la red de GBIF. Entre las comprobaciones que se realizan, se analizan errores de omisión, tipográficos, de convención y de coherencia. DARWIN TEST está basado en Microsoft Access® y está disponible también en inglés.

Para obtener más información sobre DARWIN TEST, visite su página web:

http://www.gbif.es/darwin_test/Darwin_Test.php

NAME PARSER

Se trata de una aplicación con base de datos MS Access para desglosar nombres científicos en sus componentes básicos: género, especie, autor de la especie, rango infraespecífico, epíteto infraespecífico, autor infraespecífico y año.

Para descargar y conocer más sobre esta aplicación pinche aquí.

http://www.gbif.es/name_parser/Name_Parser.php

Por supuesto, también existen INICIATIVAS ESPAÑOLAS en esta dirección, entre las que destacan:

• Herbarios virtuales:
  • CeDocBiv de Barcelona.
  • Universidad de las Islas Baleares.
• Colecciones zoológicas virtuales:
  • Museo de Zoología de la Universidad de Navarra.
• Colecciones de ejemplares tipo:
  • CIBIO de la Universidad de Alicante (Herbario).
  • CIBIO de la Universidad de Alicante (Colecciones entomológicas).
  • Herbario de la Universidad de Granada.
  • Herbario de la Universidad de Oviedo.
  • Herbario SURESTE de la Universidad de Murcia.

1. En marzo del 2006, se llevó a cabo una encuesta para evaluar lo que los proveedores de información sobre biodiversidad consideraban información sensible, y los métodos que hasta el momento se habían abordado a la hora de gestionar este tipo de información. Existe un informe sobre los resultados de esta encuesta en:
   
   Questionnaire on Dealing with Sensitive Primary Species Occurrence Data (Archivo .PDF, 567 Kb).
     
2. Tras el análisis de los resultados de esta encuesta y de otras iniciativas afines, se confeccionó un informe sobre la gestión de datos sensibles de localización de especies:
   
   Report - Dealing with Sensitive Data (Archivo .PDF, 530 Kb).
     
3. El proceso finalizó con la elaboración de una guía de buenas prácticas. El propósito de este documento es ser un modelo de referencia para instituciones, proveedores de datos y nodos de GBIF a la hora de que éstos elaboren sus propias guías.
   
   Guide to best practices for generalising primary species occurrence data (Archivo .PDF, 558 Kb).

• gvSIG
  gvSIG es una herramienta orientada al manejo de información geográfica. Se caracteriza por una interfaz amigable, siendo capaz de acceder a los formatos más usuales de forma ágil tanto ráster como vectoriales. Integra en una vista datos tanto locales como remotos a través de un origen WMS, WCS o WFS.
  

Descarga: http://www.gvsig.gva.es/index.php?id=gvsig&L=0

• Geomap
  Geomap es una herramienta capaz de visualizar y procesar datos geográficos. Se caracteriza por su facilidad de utilización y su capacidad para acceder de forma ágil a múltiples formatos de datos, tanto vectoriales como ráster así como la posibilidad de acceder a datos de servicios remotos.
  

Descarga: http://www.geobide.es/productos/geomap.aspx

• Google Earth
  Google Earth te permite desplazarte a cualquier lugar de la Tierra para ver imágenes de satélite, mapas, relieve y edificios en 3D e incluso explorar galaxias del firmamento. Puedes recorrer contenido geográfico muy variado, guardar los lugares que visites y compartirlos con otros.

Descarga: http://earth.google.es/

• Google Maps
  Es un servidor de aplicaciones de mapas en Web. Ofrece imágenes de mapas desplazables, así como fotos satelitales del mundo entero e incluso la ruta entre diferentes ubicaciones.

Descarga: http://maps.google.es/

• Generic Point Mapper
  Aplicación Online que permite introducir coordenadas espaciales en grados decimales. El generic point mapper utiliza el protocolo XML y permite que los usuarios personalicen la aplicaciones. Esta aplicación está integrada en el sistema de consultas del portal internacional de GBIF: vea aquí un ejemplo de cómo puede representar espacialmente sus consultas.
  Canadian Biodiversity Information Facility (CBIF), Canadá.
  
  http://www.cbif.gc.ca/mc/index_e.php

• geo:truc

  Herramienta para obtener las coordenadas de cualquier dirección o punto en el mapa. Convierte entre coordenadas en grados decimales y grados, minutos y segundos. Pon etiquetas de localización a tu blog, página web o RSS.

  http://www.geotruc.net/?hl=es_ES

La página web de GEOteca (guía de recursos geográficos) ha sido desarrollada por profesores y alumnos de la Universidad Autónoma de Madrid en el contexto de los Programas de Innovación Docente. Recoge referencias a información geográfica que se puede encontrar en Internet:

• Publicaciones digitales geográficas y medioambientales, licenciaturas, departamentos, sociedades, bibliografía...
• Sistemas de Información Geográfica (SIG) españoles en Internet.
• Recursos internacionales.
• Imágenes de satélite de España y software para su tratamiento.
• Servidores de datos estadísticos, locales, provinciales, regionales, nacionales e internacionales, sobre población, recursos productivos recursos naturales, documentación, bibliografía etc.

Su página web: http://www.uam.es/docencia/geoteca/geoteca.html

• Base Datos Toponímicos de la Comunidad Autónoma del País Vasco:
  Toponímia a escala 1:25.000. Véase la elaboración de la base de datos. Hay que registrarse previamente vía correo electrónico. Página web multilingüe.
  Govierno Vasco
  
  http://www1.euskadi.net/euskara_eaetoponimia/bin/default.apl?idioma=1

• La Infraestructura de Datos Espaciales de España (IDEE) tiene como objetivo el integrar a través de Internet los datos, metadatos, servicios e información de tipo geográfico que se producen en España, a nivel nacional, regional y local, facilitando a todos los usuarios potenciales la localización, identificación, selección y acceso a tales recursos, a través del geoportal www.idee.es.

Para ello se ofrecen varias aplicaciones, que incluyen un visualizador de información geográfica, que permite componer mapas superponiendo información de diferentes proveedores, un catálogo de datos y servicios, para obtener información sobre datos y servicios geográficos que se producen en España, un buscador de nombres geográficos, que facilita la localización de topónimos, y la posibilidad de descargar datos geográficos.

• Getty Thesaurus of Georaphic Names Online
  Se trata de un diccionario estructurado, a nivel mundial, que contiene 1,3 millones de nombres, incluyendo nombres vernáculos e históricos, coordenadas y tipos de lugar, con notas descriptivas, centrado principalmente en lugares inportantes para el estudio del arte y la arquitectura.
  
  http://www.getty.edu/research/conducting_research/vocabularies/tgn/index.html

• INSPIRE es una iniciativa lanzada por la Comisión Europea cuyo objetivo es hacer disponible información geográfica relevante, homogénea y de calidad.

INSPIRE quiere poner en movimiento la creación de una Infraestructura de Datos Espaciales Europea que ponga a disposición de los usuarios servicios integrales de información espacial, enlazados por protocolos y estándares comunes. Los servicios deben permitir identificar y acceder información geográfica desde un amplio rango de recursos, tanto a nivel local como global, y de forma interoperable y versátil. Algunos servicios posibles serían la visualización de capas temáticas, superposición de información procedente de fuentes diferentes, análisis temporales y espaciales etc.

En Europa, INSPIRE GEO-PORTAL es el punto de acceso por Internet a los datos espaciales y servicios relacionados (prototipo experimental). Su dirección es http://www.inspire-geoportal.eu/.

•  Global Spatial Data Infrastructure (GSDI)
  La asociación GSDI es una organización de organizaciones, agencias, compañías y particulares de todo el mundo. El objetivo de esta organización es promocionar la cooperación y la colaboración internacional para apoyar el desarrollo local, nacional e internacional de infraestructuras de datos espaciales, que permitirá a las naciones abordar cuestiones sociales, económicas o medioambientales de suma importancia.

http://www.gsdi.org/

Documentación genérica de utilidad en estos temas:

• Geoconverter
  Conversor universal entre formatos geográficos y sistemas de referencia geodésicos de la Suite Universal Geobide. Su amigable interfaz, su velocidad de transformación y su facilidad de utilización hacen de GeoConverter la herramienta perfecta para la homogeneización de datos geográficos de orígenes diversos. La gran potencialidad de Geoconverter es que también transforma modelos de datos y formatos. Además, GeoConverter permite adecuar los datos a las especificaciones de la normativa INSPIRE.
  Asociada a esta herramienta se encuentra Geomap. Este visor permite la visualización y por lo tanto la comprobación de que los resultados son consistentes geográficamente. Geomap es también capaz de visualizar el formato GML 3.2.1 requerido por INSPIRE.
  
  Descarga de la versión gratuita: http://www.geobide.es/productos/descarga.aspx?f=CONV

• GENCOORD
  Tiene una versión gratuita (1.5) y una versión en desarrollo, con versión demo desgargable por internet.
  Fernando J. Sánchez Menéndez, EOSGIS, España.
  
  Descarga: http://ourworld.compuserve.com/homepages/mgis/GENCOORD.html

• GEOTRANS 2.2.5- Geographic Translator
  Versiones disponibles para MS Windows® y UNIX®.
  National Imagery and Mapping Agency (NIMA), EE.UU.
  
  Descarga: http://earth-info.nima.mil/GandG/geotrans/

• Georeferencing Calculator
  Es un applet de java creado como herramienta para georeferenciar topónimos. La aplicación estima el error utilizando los métodos descritos en los Georeferencing Guidelines.
  Mammal Networked Information System (MaNIS) University of California, Berkeley, EE.UU.
  
  Manual y descarga: http://elib.cs.berkeley.edu/manis/CoordCalcManual.html

• LIFEMAPPER

El objetivo principal de la aplicación Lifemapper es proporcionar mapas de distribución y modelos predictivos. Los mapas son generados utilizando algoritmos genéticos para la producción de conjuntos de reglas (Genetic Algorithm for Rule-set Production, GARP) mediante correlación entre la ocurencia de una especie (->Proyecto The Species Analyst) y la información ambiental (temperatura, precipitación, uso de suelo, altitud, etc.).
Ya pueden consultarse los mapas con los datos reales recogidos y los generados con los modelos predictivos.
Biodiversity Research Center, Univ. Kansas, EE.UU.

http://www.lifemapper.org/

• OPENMODELLER

Esta aplicación genera modelos de distribución potencial de especies biológicas. Los algoritmos de openModller están integrados en la red de GBIF.

http://www.gbif.org/News/NEWS1205316041

Video con la demostración de esta herramienta.

• Distribución de especies y la bioinformática para la conservación

Liras, E., Cabello, J. & F. J. Bonet, 2008, “Bioinformática para la conservación de la flora”, Conservación Vegetal, 12: 6-9.

Este artículo proporciona información clara y actualizada sobre las técnicas de modelado de nicho ecológico y de generación de modelos de distribución potencial. Se hace énfasis en su aplicación en el campo de la conservación de la flora y en escenarios de cambio climático. Y se hace referencia a redes de biodiversidad como GBIF.

• DesktopGARP

DesktopGarp es una aplicación informática basada en algoritmos genéticos que permite predecir y analizar la distribución de las especies.

http://www.nhm.ku.edu/desktopgarp/

• MAXENT

Esta aplicación basada en una distribución probabilística de máxima entropía genera modelos de distribución de especies

http://www.cs.princeton.edu/~schapire/maxent/

• GEODA - An Introduction to Spatial Data Analysis.

GeoDa es una aplicación diseñada para el análisis espacial de datos que resulta muy útil al trabajar con modelos de nicho ecológico.

http://geodacenter.asu.edu/software/downloads

• WORLDCLIM

WorldClim es una base de datos mundial de variables climáticas que puede ser utilizada en programas de modelado de nicho ecológico.

http://www.worldclim.org/

Esta guía es uno de los resultados del proyecto BioGeomancer y en ella se discuten en profundidad las mejores prácticas para la georreferenciación de datos de especies. Esta publicación contiene ejemplos de cómo georreferenciar un amplio rango de tipos de localidades y provee información y ejemplos de cómo calcular la extensión y máxima distancia para localidades basados en la información proporcionada.

Fecha de publicación: 22 Agosto 2006.

Autores: Arthur D. Chapman y John Wieczorek.

URL: http://www2.gbif.org/BioGeomancerGuide.pdf

La calidad de los datos y los errores que puedan cometerse en los datos son a menudo temas descuidados en bases de datos ambientales, sistemas de modelado, SIG, etc. Demasiadas veces los datos son usados sin pensamiento crítico ni considerando los errores que puedan contener, llegando así a resultados incorrectos, información errónea, toma de decisiones poco prudentes e incremento de costes. Esta publicación se centra en estos temas y discute un buen número de principios sobre calidad de datos a seguir por las colecciones de historia natural antes de publicar sus datos a redes mayores.

Fecha de publicación: 17 Agosto 2005.

Autor: Arthur D. Chapman.

URL: http://www2.gbif.org/DataQuality.pdf

Este documento examina los métodos para prevenir así como detectar y limpiar errores en las bases de datos de colecciones de historia natural. Aquí se presentan las guías, métodos y herramientas que pueden ayudar a las colecciones a la hora de digitalizar, documentar y validar información. Pero primero, establece una serie de principios básicos que deben ser seguidos en cualquier procedimiento de limpieza de datos.

Fecha de publicación: 17 Agosto 2005.

Autor: Arthur D. Chapman.

URL: http://www2.gbif.org/DataCleaning.pdf

Este artículo revisa los usos de los datos sobre presencia de especies en investigación, educación y otras áreas de desarrollo humano y proporciona ejemplos de estos usos. La publicación no sólo revisa datos observacionales sino también datos procedentes de colecciones de museos y herbarios, los cuales representan almacenes de información a largo plazo y cuyos datos están casi sin explotar.

Fecha de publicación: 17 Agosto 2005.

Autor: Arthur D. Chapman.

URL: http://www2.gbif.org/UsesPrimaryData.pdf

Esta guía con las mejores prácticas para generalizar datos sensibles proporciona la clave a los proveedores de datos a la hora de determinar si una especie debe considerarse sensible así como su grado de sensibilidad. Además, proporciona guías para la correcta redacción que se debe utilizar en documentación, métodos para generalizar los datos tanto espaciales como no espaciales.

Fecha de publicación: 31 March 2008.

Autores: Arthur D. Chapman y Oliver Grafton.

URL: http://www2.gbif.org/BPsensitivedata.pdf

Las obserbvaciones que se hacen de la naturaleza son la base de los estudios ecológicos, los cuales utilizan estas observaciones para establecer patrones en la naturaleza y en la conservación de la biodiversidad. Los datos observacionales son el princpal componente de los "datos de biodiversidad primaria".

Fecha de publicación: 09 Octubre 2008.

Autor: Steve Kelling.

URL: http://www2.gbif.org/Observational_Data.pdf

Comentarios a cerca de los datos observacionales publicado por la Universidad de Turku, Finlandia.

Fecha de publicación: 2005

Autores: Jukka Salo, Marja Vieno, Tuuli Toivonen, Ilari E. Sääksjärvi, Riitta Kumpulainen y Sanna Kaisa Juvonen.

URL: circa.gbif.net/Public/irc/enbi/comm/library?l=/enbi_reports/enbiwp7_observations_obs/_EN_1.0_&a=i

Se hacen públicos dos informes hasta ahora de distribución restringida cuyo objetivo es dar a conocer qué datos se publican en GBIF.ES y su uso potencial. Estos documentos son relevantes para conocer las políticas de digitalización y para poner en contexto la información disponible en España.

• Análisis de los datos de biodiversidad en España y su publicación en GBIF http://www.gbif.es/ficheros/Informe_Datos_Biodiv_2010_v1.1.pdf

• Metaanálisis de los datos de biodiversidad suministrados a través de GBIF.ES http://www.gbif.es/ficheros/MetaGBIFEs.pdf

Autor: Francisco Pando

La elaboración de bases de datos es una labor costosa cuyos resultados no se obtienen sino a largo plazo. Es por ello que su rentabilidad debe plantearse desde la perspectiva de la utilidad. Al iniciar la informatización de una colección, es necesario plantear de manera cuidadosa unos objetivos a conseguir y cómo la base de datos que pretendemos elaborar los va a cumplir. No hacerlo así es tirar tiempo y dinero.

De la experiencia adquirida en la información de colecciones de nuestro centro, sabemos que la parte más costosa del proceso de informatización es la relacionada con el trasiego del material entre el depósito y el ordenador, tanto para la introducción de los datos como para su corrección. Por esta razón es mejor proceder a informatizar las colecciones de manera completa por grupos taxonómicos, a informatizarlas parcialmente en su conjunto.