Estado: cerrado

Los datos de biodiversidad a menudo no son fácilmente accesibles ni visibles. Entre los obstáculos para su publicación está la falta de incentivos a los proveedores. De acuerdo con la estrategia de GBIF y algunas editoriales científicas, este taller propone la publicación de artículos de datos (data papers) como mecanismo para dar reconocimiento académico al esfuerzo realizado por los proveedores de datos.

La última versión de la herramienta IPT (Integrated Publishing Toolkit), desarrollada por GBIF, incorpora una función que facilita este proceso de conversión de las descripciones de los juegos de datos de biodiversidad (metadatos) en artículos de datos o data papers listos para su publicación en alguna de las revistas Pensoft:  PhytoKeys, ZooKeys, BioRisk and NeoBiota.

El objetivo de este taller es que al final del mismo cada participante haya preparado y enviado a la revista su propio "data paper" basado en su juego de datos utilizando la herramienta de GBIF.

La convocatoria de este taller está restringida a los responsables (técnicos, adeministradores, etc.) de juegos de datos que ya publican en GBIF o que lo harán próximamente.

Debido al número limitado de plazas disponibles, las solicitudes presentadas se someterán a un proceso de selección donde se evaluarán los siguientes aspectos:

• Adscripción a una institución que colabore y/o provea datos a través de la red de GBIF.
• Número de solicitudes presentadas desde esa misma institución.
• Solicitud y/o presencia en talleres anteriores de GBIF de la misma temática.
• Orden de inscripción.

Para facilitar la participación en este taller se cuenta con una ayuda económica del Secretariado Internacional de GBIF. Ver formulario más abajo.

Día 1. Martes, 19 de marzo

En la primera jornada, veremos la importancia de publicar datos, qué datos son publicables y cómo hacerlo. Presentaremos la herramienta de GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT) trabajando con un conjunto de datos común para todos los participantes.

09:30 – 11:00. Bienvenida e introducción al curso.

• Datos: ¿por qué publicarlos?
• Licencias
• Estandarización de datos: Darwin Core Archive
• Repositorios de datos

11:00 – 11:30. Pausa para café.

11:30-12:30. Publicar datos

• Datos como archivo suplementario
• Un artículo de datos (data paper)
• Qué es (y qué no es) un artículo de datos
• Estructura.
• Ejemplos.

12:30 – 13:30. Integrated Publishing Toolkit (IPT).

13:30 – 14:30. Pausa para comida.

14:30 – 16:00.  Integrated Publishing Toolkit (IPT). ∞Continuación∞.

16:00 – 16:30. Pausa para café.

16:30 – 17:30. Integrated Publishing Toolkit (IPT). ∞Continuación∞.

Día 2. Miércoles, 20 de marzo

Una vez que conozcamos la herramienta IPT, veremos cómo y dónde publicar un artículo de datos. A continuación, comenzaremos a trabajar con los juegos de datos particulares de cada participante.

09:00 – 11:00. De IPT al artículo de datos.

• Escribir un artículo de datos.
• ¿Qué secciones hace IPT?
• ¿Qué secciones hay que incorporar manualmente?
• Editoriales y editores
• Ejemplos de artículos

11:00 – 11:30. Pausa para café.

11:30 – 13:30. Trabajar con IPT para un conjunto de datos particular.

13:30 – 14:30. Pausa para comida.

14:30 – 16:00. Trabajar con IPT para un conjunto de datos particular. ∞Continuación∞.

16:00 – 16:30. Pausa para café.

16:30 – 17:30. Trabajar con IPT para un conjunto de datos particular. ∞Continuación∞.

Día 3. Jueves, 21 de marzo

En la última jornada del taller seguiremos los pasos para publicar un artículo de datos por cada uno de los conjuntos de datos de los participantes.

09:00 – 11:00. Publicar nuestro artículo de datos.

11:00 – 11:30. Pausa para café.

11:30 – 13:30. Cuestiones complementarias respecto a IPT.

13:30 – 14:30. Pausa para comida.

14:30 – 16:00. Aclaración de dudas. Evaluación y repaso.

16:00 – 16:30. Pausa para café.

Formulario de inscripción

Presentaciones

• Datos (primarios) de biodiversidad: ¿Por qué publicarlos? - Francisco Pando (archivo. pdf; Mb)
• Introducción: de la publicación de datos a la publicación de artículos científicos - Pablo Muñoz (archivo. pdf; 2.3 Mb)
• Artículo de datos: qué es - Pablo Muñoz (archivo. pdf; 1.6 Mb)
• Datos: licencias - Pablo Muñoz (archivo. pdf; 1.4 Mb)
• Datos: el proceso - Pablo Muñoz (archivo. pdf; 1.6 Mb)
• Integrated Publishing Toolkit - Pablo Muñoz (archivo. pdf; 1.9 Mb)
• Artículo de datos - Pablo Muñoz (archivo. pdf; 3.1 Mb)

Ejemplos de artículos de datos

• Database of diazotrophs in global ocean: abundance, biomass and nitrogen fixation rates - Earth System Science Data
• Antarctic Starfish (Echinodermata, Asteroidea) from the ANDEEP3 expedition - ZooKeys
• Florabank1: a grid-based database on vascular plant distribution in the northern part of Belgium (Flanders and the Brussels Capital region) - PhytoKeys
• Literature based species occurrence data of birds of northeast India - ZooKeys

Tablas de nombres científicos de referencia

• Tabla de nombres científicos de Species 2000
• Archivos de Autoridad Taxonómica (AAT) del SiB Colombia

• IPT: http://code.google.com/p/gbif-providertoolkit/
• The IPT context, incentives for biodiversity data publishing
• Poster: Data Papers as incentives for opening biodiversity data: one year of experience and perspectives for the future
• 7-Step guide to data publication in GBIF - http://www.canadensys.net/publication/data-publication-guide
• A quick guide to publishing data using the Antarctic Integrated Publishing Toolkit - http://share.biodiversity.aq/Promotional%20material/Flyers/Quick_Guide_Publishing%20_data.pdf
• Pensoft Data Publishing Policies and Guidelines for Biodiversity Data - http://www.pensoft.net/J_FILES/Pensoft_Data_Publishing_Policies_and_Guidelines.pdf
• Licensing Open Data: A Practical Guide - http://discovery.ac.uk/files/pdf/Licensing_Open_Data_A_Practical_Guide.pdf
• GBIFS - Incentivising and strategising publishing of Biodiversity Data - http://www.gbif.org/orc/?doc_id=3249&l=en
• A new era for specimen databases and biodiversity information management in South Africa - https://journals.ku.edu/index.php/jbi/article/view/4263/4038
• Approaches to estigmating the universe of natural history collections data - https://journals.ku.edu/index.php/jbi/article/viewFile/3991/3805
• Approaches to open data for science in Spain - https://www.jstage.jst.go.jp/article/dsj/10/0/10_10-001/_pdf
• Big Opportunities in Access to “Small Science” Data - http://www.spatial.maine.edu/icfs/Onsrud-Campbell%20Paper.pdf
• Biodiversity Data Sharing: Will Peer-Reviewed Data Papers Work? - http://www.naturethinker.org/NTfiles/2013/01/Huang_bioscience2013.pdf
• Data Publishing and Scientific Journals: The Future of the Scientific Paper in a World - http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs12021-010-9084-8?LI=true
• Data's shameful neglect - http://www.nature.com/nature/journal/v461/n7261/full/461145a.html
• Open Data and the Social Contract of Scientific Publishing - http://www.bioone.org/doi/full/10.1525/bio.2010.60.5.2
• Willing or unwilling to share primary biodiversity data - http://www.naturethinker.org/NTfiles/2012/10/huangxl-et-al_conservation-letters_2012.pdf