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 Home Software > Herbar Español
  A Microsoft Access© Application for Herbarium Management
 
  • Software characteristics
  • Download and updates
  • Genus Dictionary (in Spanish)
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  • Credits and support
 
Software characteristics
 


HERBAR is a computer application designed to manage and digitalize botanical collections. It is the standard application of the Iberian and Macaronesian Herbarium Association - AHIM (Asociación de Herbarios Ibero-macaronésicos) and it is supported and recommended by the Spanish GBIF Node.

  • Storage and management of all specimens identifications.

  • Information can be capture from digital images.

  • Posibility of creating and managing new attributes (data fields) in specimens forms

  • Information on genus, countries, provinces, identifications and revisions controlled by reference tables.

  • Georeferencing management.

  • Complete management of loans, requests and exchanges.

  • Management of received sets

  • Management of specimens location

  • Different kind of labels, including those for microscopic samples.

  • Integrated MS-Word© system to generate different documents (labels, lists and loan sheets, reports, etc.).

  • Google Earth format exportation (.kml).

  • Different Internet format exportation (ASP web pages, REMIB from CONABIO and Darwin Core version 2).

  • Expandability: new features can be added to cover specific needs.

  • Different options for report output: paper, screen or MS-Word© Documents.

  • Client/Server architecture supported: multiple user can have concurrent access to the data at the same time keeping their local configuration.

  • Languages available: Spanish, Portuguese, English, Catalan.
   
Main window snapshot with menu options



 
 
Download area
 

HERBAR 3.7

Herbar updates

Herbar 3.5 to 3.6 Migration

Herbar 3.4 to 3.5 Migration

Old Versions

 
 Herbar 3.7 Downloads

FULL VERSION HERBAR 3.7 RECOMMENDED

If you already have a path named C:\Herbar, please make a backup of this path before installing this version, in order not to lose any information. Then, click to download:

Downloads for Herbar 3.7

*Usual problems with MS Office when installing the application for the first time.

HERBAR UPDATES

In order to know the current version of Herbar you must open Herbario.mdb and look down at the main menu window. There you will see the number of the version in use (ej: 3.5e).

version

So, to update your version to the latest one, follow the instructions:

1) download the zip file, and

2) procceed with the updates until reaching the last one. These changes are accumulative, so if you want to update from 35b version to 35e version you must follow steps from rows 2 to 4.

 

Row
Updates
Newness and improvements (in Spanish)
Installation proccess (in Spanish)
Manual (in Spanish)
1
 
2
3
Update 3.5b to 3.5d
4
 
5
 
6
7
 
 
 Herbar 3.5 to 3.6 Migration
 

Changes must be done in each .MDB colection (example COL_Geo.mdb) and in HERBARSYS.MDB

Modifications within the colections:

  • DETER table, a new field must be added: PARENTALES, text type, 100 words size and "_" as the default value.
  • MUNICIP table, a new field must be added: RANGOALTURA, numeric type, integer.
  • GEOREF table, four new fields must be added: Altmin, Altmax both numeric type, integer; and profun_min, profun_max both numeric type, double, without any default value.
  • IMAGENES table, a new field must be added: Id_img autonumeric type, long integer.
  • Import the ATRIBESPEC table to our colections from the Tablas_necesarias database

Modifications within HERBARSYS:

  • SOLICITUD table, two new fields must be added: NotaAdn, yes/no type and Idioma text type, syze 25.
  • COLECTIO table, a new field must be added: Reino, text type, size 50 and "Plantae" as the default value. In the Disciplina field the default value must be "Botánica".
  • LOTES table, two new fields must be added: Contenedor, text type and size 75, Forma_adq, text type and size 50.
 
 
 Herbar 3.4 to 3.5 Migration
 

Migration advises:

If you want to migrate from version 3.4 to version 3.5 you can download these two files: "How to migrate to version 3.5d" (in Spanish) and the queries needed in the migration process (.mdb) "Inicia_ERCOLEC.zip". For more information, please contact the Coordintation Unit.

Before migrating data to HERBAR 3.5 it is advisable to standardize the localities of your collection. This way, it would be easier to manage localities in HERBAR 3.5. For more information about localities standardization please read this document (.pdf) (in Spanish).

 
 
 
 Old versions
 
 Herbar 3.4 downloads
 

FULL VERSION HERBAR 3.4i

Download for Herbar 3.4i

 

HERBAR 3.4 UPDATES

In order to update your old version to the latest one, follow the instructions:

1) download the zip file and

2) procceed with the updates until reaching the last one. These changes are accumulative, so if you want to update from 34f version to 34i version you must follow steps from rows 4 to 6.

Row
Update
Newness and improvements (in Spanish)
Installation process (in Spanish)
1
2
3
4
5
6
 
 
 
 
 

Herbar versions no longer under development

Other downloads

 
 
Diccionario de géneros de referencia para el programa Herbar


F. Pando,  M. Velayos y F.J. Cabezas Fuentes, I.Ortega

Presentación Agradecimientos
Ficheros de datos Referencias
Instalación Desiderata
Como citar este trabajo  
 
 

Presentación

Las tablas que se presentan aquí se  iniciaron en 1988, y se mantienen como fuente de referencia y apoyo a a las bases de datos del Herbario MA (Colecciones de plantas vasculares y de criptogamia) y a los proyectos Flora iberica y Flora Micológica Ibérica.

Los datos para las colecciones criprogámicas  provienen fundamentalmente del Index Nominum Genericorum, aunque en el caso de hongos, estos se han revisado y actualizado con el  Dictionary of Fungi.

Para plantas vasculates las familias y géneros  son los reconocidos en el herbario MA de plantas vasculares. La guía básica es la obra de  BRUMMITT, 1992 (Vascular Plant Families and Genera), con las modificaciones reflejadas en Flora iberica. Para pteridófitos se sigue el criterio de PICHI SERMOLLI (1977). Para gimnospermas el de MELCHIOR & WERDERMANN (1954) y para Monocotiledóneas el de DAHLGREN, CLIFFORD & YEO (1985).

Si bien los nombres de los géneros se han revisado de manera exhaustiva,  los nombres de los autores y las abreviaturas de las publicaciones ahí donde se proporciona, distan mucho de estar estandarizados. También, en algunos casos, las caracteres especiales (tilde, c caron, letras con diéresis, eñe, etc.) presentan códigos arbitrarios, reflejo de la larga historia de estos ficheros.

Se ha realizado una extensiva revisión de los datos correspondientes a los géneros de plantas vasculares, llevada a cabo por Francisco José Cabezas Fuentes. En este proceso, el número de géneros registrados ha pasado de 7187 a 7490. Para cada género, además de los autores, se indican los datos del género considerado correcto. Otras mejoras menores residen en la ampliación de los enlaces (links) a nuevas bases de datos de nombres en linea.

En esta cuarta versión se ha realizado una depuración de los datos, eliminando registros duplicados y adaptando las tablas a la nueva estructura de ficheros de géneros(NOMEN) utilizada por Herbar para las colecciones del tipo Col_plus.mdb.Go top /inicio

Ficheros de datos

Cada fichero se proporciona como una base de datos de Access (*.mdb) para versión MS Access 97 o versión MS Access 2000 ó MS Access XP, con una única tabla con los datos de los géneros y comprimido con Winzip. Se proporcionan los siguientes grupos:
 
Algas (4287 géneros)
Musgos (819 géneros)
Hepáticas (426 géneros)
Hongos y líquenes (8214 géneros)
Plantas vasculares (7490 géneros)

Para la Versión de Herbar que funciona con tablas de colecciones del tipo Col_plus.mdb y Access 2000 o Access XP :

Algas Nomenagl.zip
Musgos Nomenmus.zip
Hepáticas Nomenhep.zip
Hongos y líquenes Nomenfun.zip
Plantas vasculares Nomenvasc.zip

Para la Versión de Herbar que funciona con tablas de colecciones del tipo Col_plus.mdb y Access 97:

Algas Nomenalg_97.zip
Musgos Nomenmus_97.zip
Hepáticas Nomenhep_97.zip
Hongos y líquenes Nomenfun_97.zip
Plantas vasculares Nomenvasc_97.zip

Para la Versión de Herbar que funciona con tablas de colecciones del tipo Col.mdb y Access 97:

Algas Genalg.zip
Musgos Genmus.zip
Hepáticas Genhep.zip
Hongos y líquenes Genfun.zip
Plantas vasculares Genvasc.zip
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Instalación

Pasos para  instalar  la tabla de géneros en una base de datos de colecciones de Herbar:
    A efectos del ejemplo, suponemos que queremos extraer el fichero de géneros de hongos, nomenfun.zip, para colecciónes del tipo Col_plus.mdb Access 2000 :
  1. Traer el fichero zip correspondiente (Nomenfun.zip) a vuestro PC.
  2. Extraer el fichero Nomenfun.mdb del zip con Winzip.
  3. Abrir el fichero MDB que contiene los datos de la colección (no Herbar.mdb, sino el que contiene los datos de la colección. Si  utilizamos el nombre original de la colección de herbar, este es col_plus.mdb.
  4. Desde Access, con col_plus.mdb (o el correspondiente en vuestra instalación) abierto hacemos:  menú archivo->conseguir datos externos-> importar->Nomenfun.mdb->tabla->Nomenfun.
  5. Cerrar col_plus.mdb y abrir herbar.mdb, entonces  pulsar F11 para colocar en primer plano la ventana de base de datos. Abrimos la tabla COLECTIO y cambiamos, en el registro correspondiente a col_plus.mdb, el contenido del campo REFGENERO   al nombre de la tabla que contenga los géneros, en este caso "NOMENFUN" (sin las comillas).

Para versiones de Herbar que utilicen Col.mdb, se seguirá en mismo procedimiento, pero referido a Col.mdb

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Agradecimientos

Los ficheros de géneros no se podrían haber elaborado primero sin los compiladores del Index Nominum Genericorum, Index of Mosses, Dictionary of Fungi e Index of Fungi), y en concreto el fichero de hongos, sin el trabajo de las personas contratadas al amparo del convenio INEM-CSIC, Módulo de Documentación Botánica. También Maria Teresa Tellería fichó y revisó un buen número de generos de hongos.

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Referencias

BRUMMITT, 1992. Vascular Plant Families and Genera. Royal Botanic Gardens,
Kew.

CABI BIOSCIENCE Database of Fungal Names (Funindex) http://www.indexfungorum.org/Index.htm/

DAHLGREN, CLIFFORD & YEO (1985). The families of the Monocotyledons.
Berlín

FARR, E.R., LEUSSINK, J.A. & STAFLEU, F.A. (EDS.) (1979). Index Nominum Genericorum (Plantarum), vol. 1.  Regnum Veg. 100.

FARR, E.R., LEUSSINK, J.A. & STAFLEU, F.A. (EDS.) (1979). Index Nominum Genericorum (Plantarum), vol. 2.  Regnum Veg. 101.

FARR, E.R., LEUSSINK, J.A. & STAFLEU, F.A. (EDS.) (1979). Index Nominum Genericorum (Plantarum), vol. 3.  Regnum Veg. 102.

FARR, E.R., LEUSSINK, J.A. & ZIJLSTRA, G. (EDS.) (1986). Index Nominum Genericorum (Plantarum),  Supplementum. Regnum Veg. 113.

INDEX NOMINUM GENERICORUM ON-LINE  http://www.nmnh.si.edu/ing/

INTERNATIONAL PLANT NAMES INDEX (IPNI) http://www.ipni.org/

HAWKSWORTH, D.L., SUTTON, B.C. & AINSWORTH, G.C. (1983). Ainsworth & Bisby's Dictionary of the Fungi. 7th ed. Commonweath Mycological Institute. Kew.

HAWKSWORTH, KIRK, B.C., D.L., SUTTON, B.C. & PEGLER, D.N. (1995). Ainsworth & Bisby's Dictionary of the Fungi. 8th ed. Commonweath Mycological Institute. Kew.

MELCHIOR & WERDERMANN, 1954. A. Engler's Sylabus der Pflanzenfamilien, ed.
12. Berlín-Nokolossee.

MISSOURI BOTANICAL GARDEN: INDEX OF MOSSES http://www.mobot.org/mobot/tropicos/most/iom.html

PICHI SERMOLLI, 1977. Tentatem Pteridophytorum genera in taxonomicum
ordinem redigendi, in Webbia 31: 313-512

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Desiderata

Las tablas que se ponen a vuestra disposición desde aquí, son muy susceptibles de ser mejoradas y de la misma manera que espero que las muchas horas de trabajo que representan os sean útiles, también sería deseable que las revisiones correcciones y adiciones que pudierais hacer redundase en beneficio de todos y con vuestro reconocimiento. Por tanto agradecería cualquier colaboración a este respecto.

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Como citar este trabajo

Pando, F., Velayos,M., Cabezas Fuentes, F.J., Ortega, I. (2004) Ficheros de géneros de referencia para el programa Herbar (ver.4). http://www.gbif.es/herbar/Referen.php (fecha cuando fué consultado).
 
             
 

CSIC

Real Jardín Botánico

Webmaster

Last update: 05  Aug. 2004

img
    img sesquina.gif (94 bytes)
 
 
 
Herbar implementation
 

Herbar implementation:

implantacion herbar

Botanic collections in Spain:


Visit the Registry on Spanish natural history collections, projects and biodiversity data bases.

 
 

Credits and support

How to cite the use of Herbar:

Pando, F. et al. (1994-2010). HERBAR (version): A database application for herbarium management http://www.gbif.es/herbar/herbar.php (date when accesed or downloaded). Coordination Unit of GBIF.ES, CSIC. Ministry of Science and Innovation, Spain.


The following staff members have contributed to Herbar software development:

   Francisco Pando
    Design, system development and project management.

   Silvia Lusa
    Software development and documentation.

   Carmen Guerra
    Software development.

   Mª Victoria Notario del Val
    Software development.

   Jesús Fernández Segovia
    Software development.

   Mª Isabel Ortega Maqueda
    Documentation and quality control.

   Mª Carmen Lujano Bermúdez
    Software development.

   Katia Cezón García
    Documentation, quality control and users support.

   Álvaro Crespo
    Software development.

 
License
 

This software is under a EUPL License version 1.0 http://ec.europa.eu/idabc/en/document/7774.html

Older versions of Herbar are under a GNU General Public License (GPL) http://opensource.org/licenses/gpl-license.php

 
 
Guías GBIF y otros recursos recomendados
 
BioGeomancer: Guía para la Georreferenciación

georeferencing   

Esta guía es uno de los resultados del proyecto BioGeomancer y en ella se discuten en profundidad las mejores prácticas para la georreferenciación de datos de especies. Esta publicación contiene ejemplos de cómo georreferenciar un amplio rango de tipos de localidades y provee información y ejemplos de cómo calcular la extensión y máxima distancia para localidades basados en la información proporcionada.

Fecha de publicación: 22 Agosto 2006.

Autores: Arthur D. Chapman y John Wieczorek.

URL: http://www.gbif.org/prog/digit/data_quality/BioGeomancerGuide

 
 Principios sobre Calidad de Datos
quality
  

La calidad de los datos y los errores que puedan cometerse en los datos son a menudo temas descuidados en bases de datos ambientales, sistemas de modelado, SIG, etc. Demasiadas veces los datos son usados sin pensamiento crítico ni considerando los errores que puedan contener, llegando así a resultados incorrectos, información errónea, toma de decisiones poco prudentes e incremento de costes. Esta publicación se centra en estos temas y discute un buen número de principios sobre calidad de datos a seguir por las colecciones de historia natural antes de publicar sus datos a redes mayores.

Fecha de publicación: 17 Agosto 2005.

Autor: Arthur D. Chapman.

URL: http://www.gbif.org/prog/digit/data_quality/DataQuality

 
Principios y Métodos para resolver errores en los datos

cleaning
  

Este documento examina los métodos para prevenir así como detectar y limpiar errores en las bases de datos de colecciones de historia natural. Aquí se presentan las guías, métodos y herramientas que pueden ayudar a las colecciones a la hora de digitalizar, documentar y validar información. Pero primero, establece una serie de principios básicos que deben ser seguidos en cualquier procedimiento de limpieza de datos.

Fecha de publicación: 17 Agosto 2005.

Autor: Arthur D. Chapman.

URL: http://www.gbif.org/prog/digit/data_quality/DataCleaning

 
Usos de datos de ocurrencia de especies
 
ocurrence   

Este artículo revisa los usos de los datos sobre ocurrencia de especies en investigación, educación y otras áreas de desarrollo humano y proporciona ejemplos de estos usos. La publicación no sólo revisa datos observacionales sino también datos procedentes de colecciones de museos y herbarios, los cuales representan almacenes de información a largo plazo y cuyos datos están casi sin explotar.

Fecha de publicación: 17 Agosto 2005.

Autor: Arthur D. Chapman.

URL: http://www.gbif.org/prog/digit/data_quality/UsesPrimaryData

 
Guía de mejores prácticas en datos sensibles
 
sensitive   

Esta guía con las mejores prácticas para generalizar datos sensibles proporciona la clave a los proveedores de datos a la hora de determinar si una especie debe considerarse sensible así como su grado de sensibilidad. Además, proporciona guías para la correcta redacción que se debe utilizar en documentación, métodos para generalizar los datos tanto espaciales como no espaciales.

Fecha de publicación: 31 March 2008.

Autores: Arthur D. Chapman y Oliver Grafton.

URL: http://www2.gbif.org/BPsensitivedata.pdf

 
Importancia de las observaciones de organismos
 
observations   

Las obserbvaciones que se hacen de la naturaleza son la base de los estudios ecológicos, los cuales utilizan estas observaciones para establecer patrones en la naturaleza y en la conservación de la biodiversidad. Los datos observacionales son el princpal componente de los "datos de biodiversidad primaria".

Fecha de publicación: 09 Octubre 2008.

Autor: Steve Kelling.

URL: http://www2.gbif.org/Observational_Data.pdf

 

 

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