Herramientas y metodologías en el ámbito de GBIF para mejorar el conocimiento y la gestión en materia de biodiversidad

Qué es GBIF

(Presentación PPT)

Cómo funciona GBIF:

Los nodos
Los tres pilares del programa de trabajo

El nuevo Portal de datos de GBIF

Demostración en vivo >> www.gbif.org >  data

A destacar:

Páginas de países

Las búsquedas por polígonos
Las descargas ilimitadas

Qué falta aún, pero está previsto:

Indexado en tiempo real
Imágenes
Búsquedas por clasificación
Búsquedas por provincias

Arquitectura:

http://www.gbif.org/developer
http://www.gbif.org/developer/maps#preview
http://api.gbif.org/v0.9/occurrence/counts/countries?publishingCountry=ES

Portal de datos de Atlas of Living Australia

El contexto

Portal nacional
Inspirado por GBIF:

De todos, con todos, para todos
Va más allá (hábitas, especies, literatura,…)

El Atlas of Living Australia es una iniciativa para mejorar el acceso a la información esencial sobre la biodiversidad de Australia, proporcionando herramientas para investigadores y otras personas para acceder, combinar y datos de los mapas en las especies australianas. El proyecto Atlas es una asociación entre:

• CSIRO (Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation )
• La comunidad de  colecciones de historia natural  (centros de investigación, universidades)
• El Gobierno de Australia.

Proporciona:

• Una página para cada planta australiana, animales y hongos con fotos, descripciones, mapas de distribución y observaciones.
• Las listas de los nombres científicos y comunes de las especies australianas.
• Claves de identificación,
• La información sobre los especímenes en colecciones australianas en museos, herbarios y otras instituciones.
• Las herramientas cartográficas para analizar y visualizar la biodiversidad y el medio ambiente de datos y tendencias.
• Información y herramientas para proyectos de ciencia ciudadana.
• Herramientas para el seguimiento de los cambios ambientales y ecológicos de la biodiversidad a través del tiempo.
• Herramientas de código abierto para descargar y utilizar.
• Nodos australianos de bases de datos y herramientas internacionales de diversidad biológica.

Facetas

Especies

> páginas de especies
> data integration (integración de datos)

How we integrate data
Before data can be displayed in the Atlas of Living Australia (Atlas) it is subject to a data integration process consisting of:

• https://www.ala.org.au/about-ala/ —getting the data into the Atlas; checking various aspects of the data, eg the current species name; to identify if the data relates to a species that is sensitive for reasons of conservation or biosecurity.

Localidades
Colecciones
Mapas y análisis

Especies por región
Especies en "tu" área
Distribución de especies
Casos de estudio espaciales

Participación abierta
Gestión de la plataforma

Apoyos & enlaces
ALA mobile > https://m.ala.org.au/
BHL >  http://biodiversitylibrary.org
IdentifyLife
Morphbank > http://www.morphbank.net/

Colecciones historia natural

http://ozcam.org.au/ (fauna)
http://avh.chah.org.au/ (flora)
http://www.barcodinglife.org/

Listas de especies Nacionales
> http://www.rbg.vic.gov.au/science/projects/taxonomy/atlas-of-living-australia-national-species-lists-project

Vistazo a la arquitectura de alto nivel
Módulos
http://farm6.static.flickr.com/5273/5908231289_30cb1b5d78_z_d.jpg

IBRA >

LGA>

Funcionalidades

Resumen y aspectos  a destacar

Identificadores únicos, globales, permanentes y resolvibles
Permiten
Integración
Anotación
Enlaces entre
Observaciones/ejemplares
Habitats/regiones biogeográficas
Especies
Enlaces externos (imágenes/claves/secuencias)
Conservación/legislación
Geografía
Literatura
Colecciones científicas & ciencia ciudadana
Licencias de uso

Más allá de ALA en contexto iberoamericano

• Proyecto de mentoring de GBIF: ALA-Inbio (Costa Rica), 1er trimestre 2013
  • Invitación a otros miembros
• Como resultado INBio, Univ. Sao Paulo (grupo de A. Saraiva), GBIF España deciden abordar colaboratrivamente los trabajos necesarios para poder resusar la plataforma de ALA como  portal de datos de biodiversidad (nacional o y temático)
•  7 meses trabajando. Primero objetivo, tener un portal con las mismas funcionalidades que el actual:
  • Biocaché  funcionando
  • Hubs
  • Collectory… problemático
  • El resto va después

• Páginas de especies > adaptarlo a Plinian core
• Enlace a geografía
• Enlace a habitats/regiones biogeográficas

• Los dos problemas de base:

El código está muy poco documentado
ALA no está internacionalizado en absoluto

Traducciones
Visualizaciones

• Colaboración en  fase de reactivación y formalización
• El Secretariado de GBIF se va a involucra para hacer de la base de código de ALA algo que los nodos puedan usar para servir sus datos de biodiversidad en sus contextos nacionales

Ártículos de datos (data papers)

Que son >> Presentación PPT
De ahí a:

Por qué
Como se preparan
>  Demostración "en vivo" sobre el IPT de GBIF-España (https://ipt.gbif.es/)
Cuáles hay
Reporte de GBIF-ES

• https://docs.google.com/document/d/16dCn57eg0FlhNi8C6eq5YrGIA1Zrt8_285YVO3RQe1c/edit?pli=1

Páginas de Pensoft

• http://www.pensoft.net/journals/phytokeys/about/Data%20Publishing

IPT  y “data papers” en GBIF España

• https://www.gbif.es/guia-de-publicacion/
• https://ipt.gbif.es/
• https://www.gbif.es/talleres/de-la-publicacion-de-datos-a-la-publicacion-de-articulos-cientificos-data-papers/

Recursos sobre el IPT

• https://github.com/gbif/ipt
• https://code.google.com/p/gbif-providertoolkit/wiki/IPT2ManualNotes