I Taller GBIF.ES online: Manejo, visualización y análisis de datos en ecología con R (nivel iniciación)

Descripción

Este curso pretende sentar las bases para usar y desarrollar R de una manera autónoma y utilizar el software para manejar, manipular, visualizar y analizar datos de ecología y biodiversidad. Se hace especial énfasis en aquellas herramientas que posibilitan ser un usuario eficiente del programa.

Metodología

El presente curso se desarrollará en la Plataforma de Formación Virtual de GBIF.ES (http://elearning.gbif.es/). Combinaremos la impartición de vídetutoriales donde, en vídeos muy cortos, explicaremos paso a paso, desde las primeras operaciones con el programa como la gestión de archivos, a los rudimentos del análisis estadístico, la programación para trabajar de manera eficiente o los estilos más modernos de trabajo en el entorno R.

Pasos a seguir para matricularse:
  • Rellenar formulario de inscripción hasta el 31 de octubre de 2018.
  • Publicación de lista de alumnos en la página web del taller el 5 de noviembre de 2018.
  • La Unidad de Coordinación de GBIF España contactará con los alumnos admitidos para facilitarles el modo de pago para formalizar la matrícula del taller.
  • Realizar ingreso siguiendo los pasos que se indiquen hasta el 12 de noviembre de 2018*.
  • Enviar a infogbifspain@gmail.com el justificante de pago que será la entrada del curso que generará la lanzadera de pago. Esto se explicará en detalle vía email a las personas admitidas.

*Si no se ha recibido el justificante de pago en dicha fecha, la reserva se anulará automáticamente.

Proceso de selección: Las solicitudes presentadas se someterán a un proceso de selección. Se procurará que en el taller puedan participar el mayor número de instituciones y países interesados, por lo que a la hora de hacer la selección se tendrán en cuenta los siguientes aspectos:

  • Adscripción a una institución que colabore y/o provea datos a través de la red de GBIF.
  • Número de solicitudes presentadas desde esa misma institución.
  • Conocimientos sobre la materia.
  • Solicitud y/o presencia en talleres anteriores de GBIF España.

Requisitos técnicos del taller: Disponer de un ordenador con al menos 4 GB de memoria RAM. Si existen estudiantes del curso que trabajen en entornos Linux o Mac, rogamos contactar con los docentes (jano@rjb.csic.es) para facilitar las instrucciones de cómo instalar los programas R y Rstudio en sus plataformas.

Conocimientos previos: Este curso está concebido para personas sin conocimientos previos de R o con muchas lagunas. Sin embargo puede aportar conocimientos a personas interesadas en aprender programación o escritura eficiente de código.

Programa

Módulo 0: PRESENTACIÓN DEL CURSO

  • Presentación del profesorado.
  • GBIF y la información primaria sobre biodiversidad.

Módulo 1: INTRODUCCIÓN

  • Qué es R.
  • Instalación de R.
  • Instalación de R Studio.
  • Partes de R: consola y primeros comandos.
  • Funciones y objetos en R.
  • Partes de R Studio.
  • Optimización de R Studio.
  • Bajada de paquetes.
  • Otras herramientas GUI.

Módulo 2: MANEJO DE DIRECTORIOS

  • Uso de carpetas y ubicaciones.
  • Creación de ficheros y objetos.
  • Empezar con el caso de estudio.

Módulo 3: TIPOS DE OBJETOS

  • Introducción a los tipos de datos y estructuras.
  • Vectores y operaciones con vectores.
  • Matrices.
  • Marcos de datos.
  • Listas y arrays.
  • Operaciones con texto.
  • Otros tipos.

Módulo 4: MANIPULACIÓN DE OBJETOS

  • Operaciones básicas para conocer los objetos.
  • Operaciones de un tipo de dato a otro.
  • Transformación en marcos de datos.
  • Innovaciones en R (tidyverse).
  • Optimización del código mediante el tidyverse.

Módulo 5: GRÁFICOS BÁSICOS

  • Gráficos del paquete básico.
  • Otras operaciones.
  • Ejercicio guiado.

Módulo 6: GGPLOT

  • Filosofía de ggplot.
  • Operaciones básicas de ggplot.
  • Boxplots.
  • Histogramas y densidad.
  • Scatterplots.
  • Barras, etc.
  • Trucos.
  • Leyendas, etiquetas, posiciones.
  • Ejercicio guiado.

Módulo 7: PROGRAMACIÓN EFICIENTE

  • Introducción a la programación y justificación.
  • Bucles for.
  • Bucles while.
  • Condicionales if else.
  • Resolviendo problemas de las simulaciones.
  • Creación de funciones I.
  • Creación de funciones II.
  • Funciones de la familia apply.

Módulo 8: RECURSOS EXTERNOS

  • Ayuda de R.
  • Stack overflow.
  • GitHub.

Módulo 9: PUBLICACIÓN CON R

  • Introducción a R markdown.
  • Generación de trozos de código.
  • Operar con imágenes.
  • Operar con tablas.
  • Operar con índices.
  • Otros tipos.

Módulo 10: INTRODUCCIÓN A LA ESTADÍSTICA

  • Visión general de la estadísitca en R.
  • Primeros pasos de la estadística básica en R.
  • Distribuciones.
  • Obtención de algunos parámetros de los modelos.
  • Estadística no paramétrica.
  • Introducción a modelos más complejos.
  • Ejercicio guiado.

#tallerRonline2018

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Listado de Participantes

  • Nombre Organización
  • 1 José Ignacio Alonso Felpete Universidad de Oviedo
  • 2 Clara Álvarez Muñiz Universidad Rey Juan Carlos
  • 3 José Ignacio Aparicio Sánchez Doctorando
  • 4 Patricia Barberá Sánchez Missouri Botanical Garden / Real Jardín Botánico - CSIC
  • 5 Ignacio Belda Aguilar Universidad Rey Juan Carlos
  • 6 Nicola Bernardo Estación Biológica de Doñana - CSIC
  • 7 Ainhize Butrón Mota Sociedad Pública de Gestión Ambiental del Gobierno Vasco (IHOBE)
  • 8 Jesús Canoura Baldonado Instituto Español de Oceanografía (Cádiz)
  • 9 Elvira Caro Miralles Universidad Rey Juan Carlos
  • 10 Katia Cezón García GBIF España
  • 11 Lucía Checa Herranz Universidad Rey Juan Carlos
  • 12 Irene Elcano Delgado Universidad Autónoma de Madrid
  • 13 Patricia Esquete Garrote Universidad de Aveiro
  • 14 Ángel Gálvez Núñez Instituto Cavanilles de Biodiversidad y Biología Evolutiva, Universidad de Valencia
  • 15 Miguel Ángel Gómez Serrano VAERSA / Servicio de vida Silvestre. Conselleria de Agricultura, Medio Ambiente, Cambio Climático y Desarrollo Rural
  • 16 Manuela González Forero Estación Biológica de Doñana, CSIC
  • 17 Luís González Rodríguez Universidade de Vigo
  • 18 Gabriel Lijó Pose Empresa privada
  • 19 Paula Lorenzo Rodríguez Centre for Functional Ecology - Science for People & the Planet (Universidade de Coimbra)
  • 20 Carmen Lujano Bermúdez GBIF España
  • 21 Zuriñe Maestre Zuazua Sociedad Pública de Gestión Ambiental del Gobierno Vasco (IHOBE)
  • 22 José María Marmaneu Palero CIBIO - Universidad de Alicante
  • 23 Sandra Martínez Pérez CIBIO - Universidad de Alicante
  • 24 Francesc Mesquita Joanes Universitat de València - ICBiBE
  • 25 Berta Mora Mayoral Universitat de Barcelona
  • 26 Joaquín Muñoz García Estación Biológica de Doñana, CSIC
  • 27 Laura Ortiz Díaz Universidad Rey Juan Carlos
  • 28 Cinta Quirce Vázquez CIBIO - Universidad de Alicante
  • 29 Beatriz Rincón Rincón Universidad de Alcalá de Henares, Grupo de Biodiversidad Marina
  • 30 Borja Rives Pérez Unversidad de Barcelona
  • 31 Carmen María Robles Vallet IFAPA (Instituto de Investigación Agraria y Pesquera)
  • 32 Salustiano Torre Casado Real Jardín Botánico - CSIC
  • 33 Miguel Vega GBIF España
  • 34 Albert Vila Bonfill Parque Natural de les Capçaleres del Ter i del Freser
  • 35 Emilia Zas de Uña Instituto Español de Oceanografía y Empresa Investigación, Planificación y Desarrollo.
  • 36 Nere Zorrozua Gamboa Sociedad de Ciencias Aranzadi