Taller Internacional Living Atlases

Descripción

Este taller teórico-práctico está dirigido principalmente a desarrolladores de Nodos de GBIF que utilizan el modelo del Atlas of Living Australia (ALA) como portal de datos de biodiversidad nacional y a desarrolladores que tienen interés en empezar a utilizar esta tecnología. El objetivo del taller es compartir el conocimiento y las experiencias de este conjunto de herramientas de código abierto y fortalecer la comunidad que se ha creado en torno a los diferentes países que utilizan ALA. En el taller se estudiará el conjunto principal de componentes que integran el Atlas e incluirá información sobre actualizaciones y nuevas características.

Este taller de 5 días será impartido por instructores de Atlas of Living Australia (David Martin y Nick Dos Remedios), GBIF Francia (Marie-Elise Lecoq) y GBIF España (Santiago Martínez de la Riva). El taller está financiado con fondos del programa CESP (Capacity Enhancement Support Programme) de GBIF.

Atlas of Living Australia (ALA) proporciona acceso gratuito en línea a información sobre la biodiversidad de Australia. Es una infraestructura colaborativa y abierta que reúne datos de biodiversidad de múltiples fuentes y los hace accesibles y reutilizables. El ALA se utiliza para actividades de investigación, monitoreo ambiental, planificación y gestión de la conservación, educación y ciencia ciudadana. Al tratarse de una plataforma de código abierto, muchos otros países, en su mayoría miembros de la red de GBIF, han optado por reutilizar esta tecnología y adaptarla a sus contextos nacionales. España, Francia, Portugal, Argentina, Estonia, Brasil, Reino Unido, son solo algunos ejemplos donde se utiliza ALA como portal de datos de información en biodiversidad.

Información técnica

El taller estará compuesto de presentaciones  y sesiones prácticas. En las sesiones prácticas, usaremos un servidor virtual alojado en la nube. Se recomienda a los participantes traer su ordenador portátil con los siguientes programas instalados:

  • Linux o Mac OSX. En caso de tener Windows, se recomienda instalar previamente VirtualBox.
  • Ansible 2.
  • Java 8.
  • Grails (usando http://sdkman.io/).
  • Oracle’s VirtualBox & Vagrant.
  • Un editor de textos.
  • Algún Entorno de Desarrollo Integrado (IDE, por sus siglas en inglés). Recomendamos Intellij pero Eclipse también puede ser válido.

En este proyecto GitHub, usaremos a menudo playbooks de Ansible. Además, en caso de desconocimiento, se recomienda la lectura previa sobre las siguientes tecnologías: Ansible, Grails, SOLR, and Bootstrap.

Por último, para la realización de este taller, es necesario tener una cuenta Github creada.

Información logística

Mapa de ubicación y otros lugares de interés: https://goo.gl/shkRC3

Programa

Lunes 19 feb (mañana) - INTRODUCCIÓN Y PRESENTACIONES INICIALES

Lunes 19 feb (tarde) - INSTALACIONES DE DEMOSTRACIONES

  • 14:00  Práctica - Amazon EC2 VMs para formación - ver ejercicios más abajo.
  • 15:30  Pausa café.
  • 16:00  Práctica - Repaso/Resumen.
  • 17:00  Fin de la primera jornada.

Martes 20 feb (mañana) - NUEVA FUNCIONALIDAD DEL ALA & LIVING ATLASES

  • 9:00   Centros de datos - apoyando el co-desarrollo entre los diferentes nodos GBIF.
  • 9:30   Descarga de DOIs.
  • 10:00 Publicando en GBIF a través del Registro (collectory).
  • 10:30  Pausa café.
  • 11:00  Otros desarrollos nuevos - espacio para que los participantes hablen de manera opcional sobre un proyecto.
    • Herramientas de Ciencia Ciudadana.
    • Estonia - charla sobre datos moleculares.
    • Editando un perfil taxonómico.
    • El nuevo portal espacial.
    • Otras actualizaciones de componentes existentes (biocache-hub, collectory).
    • Trabajos de desarrollo planificado de ALA.
  • 13:00  Comida.

Martes 20 feb (tarde) - UTILIZACIÓN DE TU PROPIA TAXONOMÍA CON ATLAS

  • 14:00  Índice de nombres & estructura DwCA para taxonomía.
  • 14:30  Práctica - Uso de la estructura de GBIF o del Catalogo de la Vida.
  • 15:00  Utilización de tu propia taxonomía.
  • 17:00  Fin de la segunda jornada.

Miércoles 21 feb (mañana) - PERSONALIZACIÓN Y CONTRIBUCIÓN AL CÓDIGO FUENTE

  • 9:00   Introducción a Github.
  • 10:00 Obteniendo tus códigos modificados en Github.
  • 10:30  Pausa café.
  • 11:00  Documentación.
  • 11:15   Introducción a Grails.
  • 12:00  Ejercicios.
  • 13:00  Comida.

Miércoles 21 feb (tarde) - PERSONALIZACIÓN DE COMPONENTES

  • 14:00  Práctica - Ejercicios.
  • 15:30  Pausa café.
  • 16:00  Ejercicios.
  • 17:00  Fin de la tercera jornada.

 

  • 20:30 Cena "Oficial".

Jueves 22 feb (mañana) - COMPONENTES ESPACIALES

  • 9:00   ALA4R.
  • 9:30   Estructura de los componentes espaciales.
  • 10:00 Explicación de capas.
  • 10:30  Pausa café.
  • 11:00  Uso de la imagen EC2 del portal espacial (en preparación).
  • 13:00  Comida.

Jueves 22 feb (tarde) - EJECUCIÓN DEL PORTAL SPACIAL

  • 14:00  Ejercicios.
  • 15:30  Pausa café.
  • 16:00  Ejercicios.
  • 17:00  Fin de la cuarta jornada.
  • 17:30  Visita guiada gratuita al Museo del Prado (opcional).

Viernes 23 feb (mañana) - PÁGINAS Y LISTAS DE ESPECIES

  • 9:00   Estructura de BIE - páginas de especies e índices de búsqueda.
  • 10:00 Listas - características, listas de conservación, etc.
  • 10:30  Pausa café.
  • 11:00  Ejercicios.
  • 13:00  Comida.

Viernes 23 feb (tarde) - FUTURO DE LA COMUNIDAD ALA

  • 14:00  Discusión: ¿cómo mantener a la comunidad ALA en las futuras convocatorias de proyectos y talleres, además de implicar a más países/organizaciones que quieran usar ALA y apoyar nuevos desarrollos?
  • 15:00  Puntos de acción y evaluación.
  • 15:30  Pausa café.
  • 16:00  Discusión.
  • 17:00  Fin del taller.

*Para las sesiones prácticas, los participantes se organizarán en grupos de 2 o 3 desarrolladores que trabajarán juntos con una máquina virtual. Los detalles sobre el acceso a estas máquinas se proporcionarán durante el taller.

#ALAWorkshopMadrid

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Listado de Participantes

  • NombreOrganización
  • 1 Abner Andrés Galvez Contreras GBIF Chile. Ministerio del Medio Ambiente de Chile
  • 2 Allan Zirk GBIF Estonia
  • 3 Brandito M. Quijano Jr. University of the Philippines Diliman
  • 4 Chihjen Ko Taiwan Biodiversity Information Facility
  • 5 David Martin Atlas of Living Australia
  • 6 Dimitri Alexander Ouboter National Zoological Collection of Suriname. Anton de Kom University of Suriname
  • 7 Fabien Cavière GBIF France
  • 8 Jaime Nahuel Ramírez Lorca GBIF Argentina
  • 9 Jérémy Goimard Canadensys
  • 10 Jörg Holetschek GBIF Germany
  • 11 Kourouma Koura GBIF Benin
  • 12 Manash Shah GBIF Sweden
  • 13 Manuel Vargas Instituto Nacional de Biodiversidad - Costa Rica
  • 14 Marie-Elise Lecoq GBIF France
  • 15 Matthew Blissett GBIF Secretariat
  • 16 Maxim Shashkov Institute of Mathematical Problems of Biology, Russia
  • 17 Nick dos Remedios Atlas of Living Australia
  • 18 Reuben Roberts National Biodiversity Network (NBN). United Kingdom
  • 19 Riza Batista-Navarro University of Manchester / Philippines
  • 20 Rui Figueira GBIF Portugal
  • 21 Santiago Martínez de la Riva GBIF Spain
  • 22 Sharon Grant The Field Museum of Natural History - US
  • 23 Sophie Radcliff National Biodiversity Network (NBN). United Kingdom
  • 24 Xiaoqian Zhao National Specimen Information Infrastructure of China (NSII) - China