Taller online GBIF.ES: Estandarización y publicación de datos ecológicos a largo plazo (LTER)

Descripción

Este taller teórico-práctico tiene como objetivo mejorar la capacidad de los participantes para preparar y publicar datos de biodiversidad utilizando como hilo conductor los procedimientos y portales de GBIF. Se abordarán aspectos relativos a la calidad, limpieza y depuración de los datos, estandarización y publicación a través de la herramienta Integrated Publishing Toolkit (IPT), así como la preparación de manuscritos para la publicación de data papers.

El taller está organizado por GBIF.ES en colaboración con la PTI del CSIC ECOBIODIV y la comunidad LTER, está especialmente dirigido a investigadores/as que manejan datos ecológicos a largo plazo.

Metodología

El presente curso se desarrollará en la Plataforma de Formación Virtual de GBIF.ES (https://elearning.gbif.es/). Los contenidos del curso serán una combinación de vídeos, presentaciones y casos prácticos. Se estima que el tiempo necesario para completar el curso es equivalente a 30 horas lectivas, que se podrán repartir de manera libre a lo largo de las dos semanas de duración del curso. Los participantes podrán interaccionar con los docentes y el resto de participantes a través del foro de la plataforma e-learning y de una sesión interactiva.

Pasos a seguir para matricularse:
  • Rellenar formulario de inscripción hasta el 23 de agosto de 2021.
  • Publicación de lista de alumnos/as en la página web del taller primera semana de septiembre de 2021.

Debido al número limitado de plazas disponibles, las solicitudes presentadas se someterán a un proceso de selección donde se evaluarán los siguientes aspectos:

  • Manejo de datos potencialmente publicables en GBIF.
  • Experiencia en  Estudios o proyectos que incluyan la toma de  datos ecológicos a largo plazo.
  • Capacidad de difusión de los contenidos del taller.
  • Adscripción a una institución/instituto que colabore y/o provea datos a través de la red de GBIF.
  • Número de solicitudes presentadas desde esa misma institución.
  • Solicitud y/o presencia en talleres anteriores de GBIF de la misma temática.

Avisos:

  • En el taller se manejarán archivos .csv y .txt.
  • Se requerirá el uso de Microsoft Office Access.
  • Es recomendable tener un juego de datos propio para realizar algunos de los casos prácticos del taller.
  • Todos los materiales (vídeos y presentaciones) estarán disponibles para su descarga una vez concluya el taller.

Programa

MÓDULO 0: INTRODUCCIÓN

  • Ciencia, datos, resultados e infraestructuras  - Francisco Pando (GBIF.ES)
  • Experiencia de publicación de datos ecológicos a largo plazo - Andrea Ros Candeira (Observatorio de Cambio Global de Sierra Nevada)
  • GBIF y la información primaria sobre biodiversidad - Cristina Villaverde (GBIF.ES)

MÓDULO 1: CONCEPTOS GENERALES

Introducción a la publicación de datos de biodiversidad - Katia Cezón (GBIF.ES) / Dairo Escobar (SiB Colombia)

Flujo general de publicación de datos de biodiversidad en los portales de GBIF - Katia Cezón (GBIF.ES)

MÓDULO 2: ESTANDARIZACIÓN Y PREPARACIÓN DE LOS DATOS PARA SU PUBLICACIÓN

Estándares  - Paula Zermoglio (Universidad de Buenos Aires/Vertnet) y Katia Cezón (GBIF.ES)

  • Conceptos de estándares: tipos, vocabularios, fuentes
  • Estándar Darwin Core
  • Extensiones Darwin Core
  • Darwin Core Archive
  • Introducción al IPT (Integrated Publishing Toolkit)

Caso práctico 01 - Adaptación al estándar Darwin Core

Conceptos básicos de la calidad y limpieza de datos de biodiversidad (definiciones y aspectos teóricos importantes) - Paula Zermoglio (Universidad de Buenos Aires/Vertnet) y Katia Cezón (GBIF.ES)

Herramientas útiles para la calidad y limpieza de los datos - Katia Cezón (GBIF.ES)

Prácticas con herramientas para la limpieza y control de la calidad de los datos

  • Caso práctico 02 - Herramientas para la gestión de nombres científicos - Species Matching
  • Caso práctico 03 - Herramientas para la gestión de nombres científicos - Name Parser
  • Caso práctico 04 - Herramientas para el tratamiento de las fechas
  • Caso práctico 05 - Herramientas para la conversión de coordenadas
  • Caso práctico 06 - Herramientas para la validación de datos - Validador de datos de GBIF

MÓDULO 3: PUBLICACIÓN DE DATOS EN EL SISTEMA DE GBIF

Licencias de Uso de los Datos - Francisco Pando

Introducción al IPT (Integrated Publishing Toolkit) como herramienta de publicación y ejemplo guiado - Katia Cezón (GBIF.ES)

Caso práctico 07 - Prácticas de publicación a través del IPT con datos de ejemplo

  • Prácticas de publicación con juegos de datos de tipo registros de presencia, evento de muestreo y checklist.
  • Prácticas de publicación avanzada (mediante el uso de extensiones de información para complementar la información anterior).

Caso práctico 08 - Prácticas de publicación a través del IPT con datos propios

¿Cómo se verán los datos una vez publicados? Portales de GBIF.org y datos.gbif.es - Cristina Villaverde (GBIF.ES)

MÓDULO 4: PUBLICACIÓN DE ARTÍCULOS DE DATOS (“DATA PAPERS”)

Introducción a los data papers: qué son y por qué publicarlos - David Galicia (Univ. Navarra) y Nora Escribano (Univ. Navarra)

  • Costes asociados a la generación de un recurso - David Galicia (Univ. Navarra)
  • Incentivos para la publicación de datos - David Galicia (Univ. Navarra)
  • Objetivo y estructura de un data paper - David Galicia (Univ. Navarra)
  • Plataforma ARPHA - Nora Escribano (Univ. Navarra)

Caso práctico 09: elaboración de un data paper con la herramienta online Arpha.

Evaluación del curso.

#tallerGBIFDatosEcologicos

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Listado de Participantes

  • Nombre Organización
  • 1 Daniel Aguayo Becerra Universidad de Granada
  • 2 Iciar Alberdi Asensio INIA, CSIC
  • 3 David Ariza Mateos Universidad de Córdoba
  • 4 Jose Manuel Ávila Castuera LifeWatch ERIC
  • 5 José Antonio Blanco Aguiar IREC (CSIC-UCLM)
  • 6 Olga Boet Escarceller CREAF
  • 7 Miguel Ángel Bravo Utrera Estación Biológica de Doñana - CSIC
  • 8 Susana Bueres Olivares Eulen
  • 9 Isabel Canellas INIA, CSIC
  • 10 Francisco Carro Mariño Estación Biológica de Doñana - CSIC
  • 11 Ricardo Díaz-Delgado Estación Biológica de Doñana - CSIC
  • 12 Rocío Fernández Zamudio Estación Biológica de Doñana - CSIC
  • 13 Montserrat Ferrer Museu de Ciències Naturals de Barcelona
  • 14 Ivana Mariel García IRNAD, UNRN-CONICET (Argentina)
  • 15 Salvia García Álvarez Herbario EMMA, E.T.S.I. Montes, Forestal y del Medio Natural, UPM
  • 16 Pablo Gonzáez-Moreno Universidad de Córdoba
  • 17 Hebe Jorgelina Iriarte IMIBIO - CONICET y Micoteca MICODIF (Argentina)
  • 18 Leonidas Lizarraga Administración de Parques Nacionales (Argentina)
  • 19 Ana Sofía Machado CONICET-UNC (Argentina)
  • 20 Gonzalo Marquez Universidad Nacional de La Plata (Argentina)
  • 21 Rocío Márquez Ferrando Estación Biológica de Doñana - CSIC
  • 22 Antonio Martínez Blanco Estación Biológica de Doñana - CSIC
  • 23 Ana Mellado García Observatorio de Cambio Global de Sierra Nevada, UGR
  • 24 Sonia Moreno Martínez TRAGSATEC
  • 25 Garoé Núñez Trujillo Gesplan
  • 26 Sebastián Palacios Ojeda Estación Biológica de Doñana - CSIC
  • 27 Guillermo Palacios Rodríguez Universidad de Córdoba
  • 28 Francisco José Ruiz Gómez Universidad de Córdoba
  • 29 Francisco Manuel Sánchez Cano LifeWatch ERIC
  • 30 Pedro José Sandoval Cortés Universidad de Granada