Taller online GBIF.ES: Estandarización y publicación de datos de biodiversidad de regiones polares

Descripción

Este taller teórico-práctico tiene como objetivo mejorar la capacidad de los participantes para preparar y publicar datos de biodiversidad utilizando como hilo conductor los procedimientos y portales de GBIF. Se abordarán aspectos relativos a la calidad, limpieza y depuración de los datos, estandarización y publicación a través de la herramienta Integrated Publishing Toolkit (IPT), así como la preparación de manuscritos para la publicación de data papers.

El taller está organizado por GBIF.ES en colaboración con las PTI del CSIC POLARCSIC y ECOBIODIV, y está especialmente dirigido a investigadores/as que manejan datos tomados en las regiones polares.

Metodología

El presente curso se desarrollará en la Plataforma de Formación Virtual de GBIF.ES (https://elearning.gbif.es/). Los contenidos del curso serán una combinación de vídeos, presentaciones y casos prácticos. Se estima que el tiempo necesario para completar el curso es equivalente a 30 horas lectivas, que se podrán repartir de manera libre a lo largo de las dos semanas de duración del curso. Los participantes podrán interaccionar con los docentes y el resto de participantes a través del foro de la plataforma e-learning.

Pasos a seguir para matricularse:
  • Rellenar formulario de inscripción hasta el 9 de abril de 2021.
  • Publicación de lista de alumnos/as en la página web del taller el 16 de abril de 2021.

Debido al número limitado de plazas disponibles, las solicitudes presentadas se someterán a un proceso de selección donde se evaluarán los siguientes aspectos:

Avisos:

  • En el taller se manejarán archivos .csv y .txt.
  • Es recomendable tener un juego de datos propio para realizar algunos de los casos prácticos del taller.
  • Al registrarse se podrá hacer como oyente (acceso a materiales pero no interacción con docentes y resto de participantes, no corrección de ejercicios, no certificado) o como participante.
  • Próximamente se abrirá la convocatoria de otro taller de publicación de datos de biodiversidad dirigido a investigadores en ecología que son miembros de la red LTER España.

Todos los materiales (vídeos y presentaciones) estarán disponibles para su descarga una vez concluya el taller.

Programa

MÓDULO 0: INTRODUCCIÓN

  • Ciencia, datos, resultados e infraestructuras  - Francisco Pando (GBIF.ES)
  • GBIF y la información primaria sobre biodiversidad - Cristina Villaverde (GBIF.ES)
  • Experiencia de publicación de datos polares en GBIF

MÓDULO 1: CONCEPTOS GENERALES

Introducción a la publicación de datos de biodiversidad - Katia Cezón (GBIF.ES)

  • Estandarizar para integrar, encontrar y reutilizar
  • Datos y metadatos
  • Por qué es importante publicar los datos abiertos de biodiversidad
  • En qué consiste la publicación de datos de biodiversidad
  • Tipos de datos que se pueden publicar.

Flujo general de publicación de datos de biodiversidad en los portales de GBIF - Katia Cezón (GBIF.ES)

MÓDULO 2: ESTANDARIZACIÓN Y PREPARACIÓN DE LOS DATOS PARA SU PUBLICACIÓN

Estándares  - Paula Zermoglio (Universidad de Buenos Aires/Vertnet) y Katia Cezón (GBIF.ES)

Caso práctico 01 - Adaptación al estándar Darwin Core

Conceptos básicos de la calidad y limpieza de datos de biodiversidad (definiciones y aspectos teóricos importantes) - Paula Zermoglio (Universidad de Buenos Aires/Vertnet) y Katia Cezón (GBIF.ES)

Herramientas útiles para la calidad y limpieza de los datos - Katia Cezón (GBIF.ES)

Prácticas con herramientas para la limpieza y control de la calidad de los datos

  • Caso práctico 02 - Herramientas para la gestión de nombres científicos - Species Matching
  • Caso práctico 03 - Herramientas para la gestión de nombres científicos - Name Parser
  • Caso práctico 04 - Herramientas para el tratamiento de las fechas
  • Caso práctico 05 - Herramientas para la conversión de coordenadas
  • Caso práctico 06 - Herramientas para la validación de datos - Validador de datos de GBIF

MÓDULO 3: PUBLICACIÓN DE DATOS EN EL SISTEMA DE GBIF

Licencias de Uso de los Datos - Francisco Pando

Introducción al IPT (Integrated Publishing Toolkit) como herramienta de publicación y ejemplo guiado - Katia Cezón (GBIF.ES)

Caso práctico 07 - Prácticas de publicación a través del IPT con datos de ejemplo

  • Prácticas de publicación con juegos de datos de tipo registros de presencia, evento de muestreo y checklist.
  • Prácticas de publicación avanzada (mediante el uso de extensiones de información para complementar la información anterior).

Caso práctico 08 - Prácticas de publicación a través del IPT con datos propios

¿Cómo se verán los datos una vez publicados? Portales de GBIF.org y datos.gbif.es - Cristina Villaverde (GBIF.ES)

MÓDULO 4: PUBLICACIÓN DE ARTÍCULOS DE DATOS (“DATA PAPERS”)

Introducción a los data papers: qué son y por qué publicarlos - David Galicia (Univ. Navarra) y Nora Escribano (Univ. Navarra)

  • Del IPT al artículo de datos.
  • Escribir un artículo de datos.
    • ¿Qué secciones se generan automáticamente desde el IPT?
    • ¿Qué secciones hay que incorporar manualmente?
  • Editoriales y editores que publican data papers.
  • Ejemplos de artículos de datos.

Caso práctico 09: elaboración de un data paper con la herramienta online Arpha.

Evaluación del curso.

#tallerGBIFDatosPolares

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Listado de Participantes

  • Nombre Organización
  • 1 Aldo Gonzalo Indacochea Mejía Universidad Científica del Sur, Lima, Perú
  • 2 Álvaro Martín Arteaga Bengoa Universidad Científica del Sur, Perú
  • 3 Andrés Barbosa Alcón Museo de Ciencias Naturales - CSIC
  • 4 Antonio Polo Sánchez GEO3BCN - CSIC
  • 5 Bárbara De Feo Centro Universitario Regional del Este (CURE), Uruguay
  • 6 Báslavi Marisbel Cóndor Luján Universidad Científica del Sur, Perú
  • 7 Bernabé Moreno Leveroni Universidad Científica del Sur, Perú
  • 8 Cecilia Morales Ocaña Instituto Andaluz de Ciencias de la Tierra - Geociencias Marinas
  • 9 Cristina María Cedeño Posso Instituto de investigaciones Marinas y Costeras INVEMAR, Colombia
  • 10 Diana Serrano Timonet IMAR
  • 11 Eduardo Cires Rodríguez Universidad de Oviedo
  • 12 Erica Sparaventi Instituto de Ciencias Marinas de Andalucía (ICMAN-CSIC)
  • 13 Esther Rodríguez Pérez Museo Nacional de Ciencias Naturales - CSIC
  • 14 Eulàlia Gràcia Mont Instituto de Ciencias del Mar - CSIC
  • 15 Evelyn Krojmal Fernández Centro Universitario Regional del Este (CURE), Uruguay
  • 16 Fernando Dorado Roncancio
  • 17 Florencia Bertoglio IIBCE (Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable), Uruguay
  • 18 Francisco José Jiménez Espejo Instituto Andaluz de Ciencias de la Tierra
  • 19 Hugo Ignacio Coitiño Banquero Ministerio de Ambiente y ECOBIO Uruguay
  • 20 Javier López Llorens Escuela Técnica Superior de Ingeniería de Montes, Forestal y del Medio Natural. Universidad Politécnica de Madrid
  • 21 José Elías Fernandez Alfaya Instituto de Biologia de Organismos Marinos (IBIOMAR-CONICET)
  • 22 Miren López de Alda Instituto de Diagnóstico Ambiental y Estudios del Agua - CSIC-CSIC
  • 23 Marta Coll Monton Instituto de Ciencias del Mar - CSIC
  • 24 María Regina Silva Museo del Fin del Mundo, Argentina
  • 25 Noemí Montes Moreno Institut Botànic de Barcelona, Herbario BC
  • 26 Susana Javiera Morano Büchner Instituto de la Patagonia, Universidad de Magallanes, Chile
  • 27 Luis Cerpa INGEMMET, Perú
  • 28 Maryuri Nole INGEMMET, Perú
  • 29 Francisco Ramírez Instituto de Ciencias del Mar - CSIC
  • 30 Tabaré Barreto Museo Municipal Virginia Choquintel, Argentina