II Taller GBIF.ES: Bases de datos de colecciones y GenBank

Descripción:

El avance de los estudios de biodiversidad de la mano de las técnicas moleculares y nuevos enfoques ecológicos en tiempos recientes ha sido espectacular. Sin embargo, la falta de procedimientos y prácticas para hacer las conclusiones de estos estudios revisables pone en cuestión su solidez y validez científica en muchos casos. En este contexto, la importancia de los ejemplares de colecciones como pilar del método científico en estos estudios es cada vez más reconocida y aceptada. Esta situación es una oportunidad para las colecciones, si al publicar sus datos en línea se hace con enlaces al GenBank y si se colabora con los repositorios de GenBank para que desde estos se enlace a los ejemplares de respaldo. Cómo hacerlo es el objeto de este taller.

Pasos a seguir para matricularse:
  • Rellenar el formulario de inscripción hasta el 9 de mayo de 2023.
  • La Unidad de Coordinación de GBIF España contactará con los/as alumnos/as admitidos/as para solicitar confirmación de asistencia al taller hasta el 22 de mayo de 2023*.
  • Publicación de la lista de alumnos en la página web del taller el 29 de mayo de 2023.

*Si no se ha recibido confirmación en dicha fecha, la reserva se anulará automáticamente.

Debido al número limitado de plazas disponibles, las solicitudes presentadas se someterán a un proceso de selección donde se evaluarán los siguientes aspectos:

  • Adscripción a una institución que colabore y/o provea datos a través de la red de GBIF.
  • Número de solicitudes presentadas desde esa misma institución.
  • Conocimientos sobre la materia.
  • Solicitud y/o presencia en talleres anteriores de GBIF de la misma temática.
  • Orden de inscripción.

 

Programa

Martes 13 de junio de 2023

09:30 - 10:00

  • Bienvenida e introducción al curso
  • GBIF y la información primaria sobre biodiversidad

10:00 - 11:00

  • Qué es el GenBank

11:00 - 11:30  Pausa café

11:30 - 13:30

  • El papel de las colecciones de historia natural en los estudios moleculares - Yolanda Jiménez Ruiz
  • La iniciativa "Barcode of Life" y las colecciones - Brent Emerson

13:30 - 15:00 Pausa comida

15:00 - 17:00 (30' para café)

  • Implicaciones para las colecciones. Muestreos destructivos
    • Principios generales y colecciones botánicas
    • Aspectos específicos de las colecciones zoológicas
  • Experiencias previas
  • Debate: el tema de los materiales testigo, su citación: buenas y malas prácticas

Miércoles 14 de junio de 2023

9:30 - 11:00

  • Las bases de datos del GenBank (presentación estructura, información que contiene, identificadores)
  • Cómo tratar la información molecular en las colecciones de HN y sus implicaciones en los procedimientos de trabajo y sus bases de datos

11:00 - 11:30  Pausa café

11:30 - 13:00

  • Cómo colaborar con GenBank para enlazar la información de las secuencias con las bases de datos en línea de las colecciones

13:00 - 13:30 Discusión final, evaluación y cierre del taller

 

- evento realizado, materiales disponibles -

tallerBasesDatosColeccionesGenBank2023

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Yolanda Jiménez en la primera jornada del taller
Brent Emerson explica la iniciativa Barcode of Life" y su relación con las colecciones de historia natural
Francisco Pando habla de las bases de datos del GenBank: estructura, contenido e identificadores

List of participants

  • Name Organization
  • 1 Estrella Alfaro Saiz Herbario LEB. UNILEON
  • 2 Luis Alté García-Olías Real Jardín Botánico - CSIC
  • 3 Antoni Buira Clua Real Jardín Botánico - CSIC
  • 4 Francisco José Cabrero Sañudo Museo de Entomología UCME - Universidad Complutense de Madrid
  • 5 Marta Calvo Revuelta MNCN - CSIC
  • 6 Ana Carmen de la Cruz Calleja INIA - CSIC
  • 7 Francisco José García González TRAGSATEC
  • 8 Javier López Llorens Escuela Técnica Superior de Ingeniería de Montes, Forestal y del Medio Natural (ETSMFMN) (UPM)
  • 9 Manuel Eduardo Muñoz Colmenares Instituto Cavanilles de Biodiversidad y Biología Evolutiva
  • 10 Eli Muñoz de los Reyes Centro Oceanográfico de Cádiz, IEO - CSIC
  • 11 Manuel César Paredero García IRNASA - CSIC
  • 12 Pedro José Pascual Alayón Instituto Español de Oceanografía
  • 13 Sergio Rodríguez Fernández Universidad de León
  • 14 Alberto Sánchez Vialas MNCN - CSIC
  • 15 Laura Casas Castaño Instituto de Investigaciones Marinas (IIM-CSIC)