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I Taller sobre imágenes digitales para estudios de biodiversidad

Descripción:

Este taller tratará el proceso de captura, manejo y publicación en internet de imágenes digitales de especímenes de colección y de otras imágenes relacionadas con proyectos de investigación en biodiversidad: láminas, preparaciones microscópicas, etc.

Los temas a tratar irán desde el equipamiento necesario y su configuración (óptica, iluminación, etc.), las técnicas de captura, el procesado de las imágenes y los (meta)datos a recoger para su publicación.

Los alumnos podrán aportar sus propias imágenes, que se procesarán y se publicarán en un servidor instalado al efecto.

Debido al número limitado de plazas disponibles, las solicitudes presentadas se someterán a un proceso de selección donde se evaluarán los siguientes aspectos:

  • Adscripción a una institución que colabore y/o provea datos a través de la red de GBIF.
  • Número de solicitudes presentadas desde esa misma institución.
  • Conocimientos sobre la materia.
  • Solicitud y/o presencia en talleres anteriores de GBIF España.
  • Orden de inscripción.

Con la colaboración de: CRIA y Universidad de Navarra.

Programa

PARTE I: EL PROCESO DE PUBLICACIÓN DE IMÁGENES DIGITALES EN INTERNET

Construcción de un sistema de gestión y publicación de imágenes digitales.

  • Obtención de la imagen digital.
  • Tratamiento posterior de las imágenes.
  • Diseño e implementación de bancos de datos asociados.
  • Diseño e implementación de interfaces.

Interrelación con otros sistemas de información biológica.

Algunas iniciativas existentes.

  • Flora brasiliensis (Centro de Referência em Informação Ambiental, Brasil).
  • Otros ejemplos destacados.

Tecnologías de almacenamiento y gestión de imágenes.

  • Servidores de imágenes.
  • Repositorios de archivos.

Parte práctica: publicación en Internet de imágenes aportadas por los alumnos.

PARTE II: TÉCNICAS AVANZADAS DE IMAGEN DIGITAL 

Fundamentos de la imagen digital.

  • Óptica y Física de la formación de la imagen.
  • Tecnología de los sensores de imagen.
  • Sistemas y formatos de almacenamiento y transferencia.

Técnicas de captura.

  • Preparación física de los objetos.
  • Integración de sistemas ópticos y fotográficos.
  • Técnicas de iluminación.
  • Adquisición de la imagen: casuística.
    • Imágenes planares: herbarios.
    • Imágenes tridimensionales: especímenes de gran tamaño.
    • Macrofotografía.
    • Microfotografía.
  • Imagen morfométrica.

Post-procesado de la imagen.

  • Retoque y modificación.
  • Automontaje.
  • Morfometría.

Problemas en imagen digital.

  • Precisión espacial, escalas y paralaje.
  • Distorsión y aberración.
  • Fidelidad cromática.
  • Metadatos y gestión de archivos.

NOTA: El taller se impartirá en sesiones de mañana y tarde, de 9:00 a 18:30h.

Documentos de Interés

El proceso de publicación de imágenes digitales en Internet, Sidnei de Souza (fichero .PPT, 17.3 Mb). Práctica con un servidor de imágenes y metadatos, Sidnei de Souza (.PDF, 561 Kb). Práctica con un visor de imágenes en web, Silvia Lusa Bernal (.PDF, 224 Kb).

Enlaces de Interés

http://www.zoomify.com/ http://www.gimp.org.es/ https://combinezm.en.lo4d.com/windows https://imagej.nih.gov/ij/ https://www.irfanview.com/ http://www.cerious.com/ https://www.gbif.org/document/80576/digital-imaging-of-biological-type-specimens-a-manual-of-best-practice http://florabrasiliensis.cria.org.br/ https://www.unav.edu/web/museo-de-ciencias

Listado de Participantes

  • Nº Nombre Organización
  • 1 Jesús Hernández-Corral TAFAE (Asociación para la defensa del Medio Ambiente)
  • 2 Heriberto D. López Hernández Universidad de La Laguna
  • 3 Félix Picazo Mota Universidad de Murcia
  • 4 Neus Ibáñez Cortina Instituto Botánico de Barcelona (CSIC - Ayuntamiento de Barcelona) [Herbario]
  • 5 José María Cardiel Sanz Universidad Autónoma de Madrid. Departamento de Biología. Área de Botánica.
  • 6 José Manuel Sesma Moranas Insectarium virtual
  • 7 José Luis López Chaparro Junta de Extremadura
  • 8 Jordi Agulló Villaronga Museo de Ciencias Naturales de Barcelona (MCNB)
  • 9 María Gutiérrez Esteban Junta de Extremadura
  • 10 Carlos Lado Rodríguez MYXOTROPIC. Myxobiota Neotropical. Estudio biosistemático de Myxomycetes de las zonas áridas
  • 11 Jesús Muñoz Fuente CSIC-Real Jardín Botánico
  • 12 Manuel Sánchez Ruiz Museo Nacional de Ciencias Naturales (CSIC, Madrid)
  • 13 Mercedes París García Museo Nacional de Ciencias Naturales (CSIC)
  • 14 Rosario Noya Santos CSIC-Real Jardín Botánico
  • 15 David García San León Universidad de Santiago de Compostela, Laboratorio de Botánica, Fac. Farmacia. [Herbario]
  • 16 Jesús Riera Vicent Jardín Botánico de Valencia
  • 17 Julia Garzón García Instituto Cavanilles de Biodiversidad y Biología Evolutiva (Valencia)
  • 18 Mariate Vizoso Paz Universidad de Granada, Servicio de Herbario de la Universidad de Granada [Herbario]
  • 19 Carmen Quesada Ochoa Universidad de Granada, Servicio de Herbario de la Universidad de Granada [Herbario]
  • 20 Margarita Dueñas Carazo Real Jardín Botánico (CSIC)
  • 21 Juan Bautista Martínez Laborde Universidad Politécnica de Madrid
  • 22 Luis Miguel Fernández Blanco Universidad de León, Colecciones Zoológicas (CZULE) [Colecciones zoológicas]
  • 23 Paloma Gil Borrell Universidad Politécnica de Madrid, Dpto. Silvopascicultura (Botánica), E.T.S.I. Montes. [Herbario]
  • 24 Enriqueta Martín-Consuegra Fernández Jardín Botánico de Córdoba