II Taller GBIF.ES online: Manejo, visualización y análisis de datos en ecología con R (nivel iniciación)

Descripción

Este curso pretende sentar las bases para usar y desarrollar R de una manera autónoma y utilizar el software para manejar, manipular, visualizar y analizar datos de ecología y biodiversidad. Se hace especial énfasis en aquellas herramientas que posibilitan ser un usuario eficiente del programa.

El taller es parte del programa de cursos de especialización del Consejo Superior de Investigaciones Científicas, que extenderá un certificado de aprovechamiento del mismo para aquellos/as alumnos/as que superen los objetivos marcados.

Metodología

El presente curso se desarrollará en la Plataforma de Formación Virtual de GBIF.ES (http://elearning.gbif.es/). Combinaremos la impartición de vídeo tutoriales donde, en vídeos muy cortos, explicaremos paso a paso, desde las primeras operaciones con el programa como la gestión de archivos, a los rudimentos del análisis estadístico, la programación para trabajar de manera eficiente o los estilos más modernos de trabajo en el entorno R.

Pasos a seguir para matricularse:
  • Rellenar formulario de inscripción hasta el 10 de septiembre de 2019.
  • Publicación de lista de alumnos en la página web del taller el 13 de septiembre de 2019.
  • La Unidad de Coordinación de GBIF España contactará con los/as alumnos/as admitidos/as para solicitar confirmación de asistencia al taller hasta el 17 de septiembre de 2019*.

*Si no se ha recibido confirmación en dicha fecha, la reserva se anulará automáticamente.

Proceso de selección: Las solicitudes presentadas se someterán a un proceso de selección. Se procurará que en el taller puedan participar el mayor número de instituciones y países interesados, por lo que a la hora de hacer la selección se tendrán en cuenta los siguientes aspectos:

  • Adscripción a una institución que colabore y/o provea datos a través de la red de GBIF.
  • Número de solicitudes presentadas desde esa misma institución.
  • Conocimientos sobre la materia.
  • Solicitud y/o presencia en talleres anteriores de GBIF España.

Requisitos técnicos del taller: Disponer de un ordenador con al menos 4 GB de memoria RAM. Si existen estudiantes del curso que trabajen en entornos Linux o Mac, rogamos contactar con los docentes (jano@rjb.csic.es) para facilitar las instrucciones de cómo instalar los programas R y Rstudio en sus plataformas.

Conocimientos previos: Este curso está concebido para personas sin conocimientos previos de R o con muchas lagunas. Sin embargo, puede aportar conocimientos a personas interesadas en aprender programación o escritura eficiente de código.

Programa

Módulo 0: PRESENTACIÓN DEL CURSO

  • Presentación del profesorado.
  • GBIF y la información primaria sobre biodiversidad.

Módulo 1: INTRODUCCIÓN

  • Qué es R.
  • Instalación de R.
  • Instalación de R Studio.
  • Partes de R: consola y primeros comandos.
  • Funciones y objetos en R.
  • Partes de R Studio.
  • Optimización de R Studio.
  • Bajada de paquetes.
  • Otras herramientas GUI.

Módulo 2: MANEJO DE DIRECTORIOS

  • Uso de carpetas y ubicaciones.
  • Creación de ficheros y objetos.
  • Empezar con el caso de estudio.

Módulo 3: TIPOS DE OBJETOS

  • Introducción a los tipos de datos y estructuras.
  • Vectores y operaciones con vectores.
  • Matrices.
  • Marcos de datos.
  • Listas y arrays.
  • Operaciones con texto.
  • Otros tipos.

Módulo 4: MANIPULACIÓN DE OBJETOS

  • Operaciones básicas para conocer los objetos.
  • Operaciones de un tipo de dato a otro.
  • Transformación en marcos de datos.
  • Innovaciones en R (tidyverse).
  • Optimización del código mediante el tidyverse.

Módulo 5: GRÁFICOS BÁSICOS

  • Gráficos del paquete básico.
  • Otras operaciones.
  • Ejercicio guiado.

Módulo 6: GGPLOT

  • Filosofía de ggplot.
  • Operaciones básicas de ggplot.
  • Boxplots.
  • Histogramas y densidad.
  • Scatterplots.
  • Barras, etc.
  • Trucos.
  • Leyendas, etiquetas, posiciones.
  • Ejercicio guiado.

Módulo 7: PROGRAMACIÓN EFICIENTE

  • Introducción a la programación y justificación.
  • Bucles for.
  • Bucles while.
  • Condicionales if else.
  • Resolviendo problemas de las simulaciones.
  • Creación de funciones I.
  • Creación de funciones II.
  • Funciones de la familia apply.

Módulo 8: RECURSOS EXTERNOS

  • Ayuda de R.
  • Stack overflow.
  • GitHub.

Módulo 9: PUBLICACIÓN CON R

  • Introducción a R markdown.
  • Generación de trozos de código.
  • Operar con imágenes.
  • Operar con tablas.
  • Operar con índices.
  • Otros tipos.

Módulo 10: INTRODUCCIÓN A LA ESTADÍSTICA

  • Visión general de la estadísitca en R.
  • Primeros pasos de la estadística básica en R.
  • Distribuciones.
  • Obtención de algunos parámetros de los modelos.
  • Estadística no paramétrica.
  • Introducción a modelos más complejos.
  • Ejercicio guiado.

#tallerRonline2019

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Listado de Participantes

  • Nombre Organización
  • 1 Alejandro Alameda Manzanares Agencia de Gestión Agraria y Pesquera de Andalucía
  • 2 Blanca Albero Ruiz Universidad Autónoma de Madrid (UAM)
  • 3 Cristina Alcalde Olivares Junta de Castilla y León - Servicio Territorial de Medio Ambiente de Soria
  • 4 Estrella Alfaro Saiz Herbario LEB. Universidad de León
  • 5 Alberto-Rafael Arnal Olivares IMIDRA
  • 6 Dacha Atienza Ariznavarreta Consorci Museu de Ciències Naturals de Barcelona
  • 7 Agustín Balsalobre Centro de Estudios Parasitologicos y de Vectores (CEPAVE-CONICET-UNLP) (Argentina)
  • 8 Clara Baringo Fonseca SiBBR- Brasil
  • 9 Jon Blanco González Real Jardín Botáncio (RJB-CSIC)
  • 10 Olga Boet Escarsellé CREAF
  • 11 Blanca Botey Sánchez de Rojas IC5Team
  • 12 Leonardo Buitrago SiB Colombia - Instituto Humboldt
  • 13 Belén Calero Blanco Universidade de Vigo-Instituto Español de Oceanografía
  • 14 Gabriela Fabiana Cantarell Sistema de Información de Biodiversidad de la Administración de Parques Nacionales (Argentina)
  • 15 Iván Casañas Machín Instituto Español de Oceanografía - Tenerife
  • 16 Víctor Chocho Sánchez Ministerio del Ambiente (Ecuador)
  • 17 Eliana Coturel Facultad de Ciencias Naturales y Museo, Universidad Nacional de La Plata (Argentina)
  • 18 Andrés de la Cruz Muñoz Universidad de Cádiz
  • 19 Marina del Álamo Montes Centro de Colecciones Científicas de la Universidad de Almería (CECOUAL)
  • 20 Mónica Espinosa Rincón Junta de Comunidades de Castilla-La Mancha
  • 21 Armando Estrada Chavarría Museo Nacional de Costa Rica
  • 22 Francisco Javier Fabado Alós Jardí Botànic de la Universitat de València
  • 23 Paola Georgina Galvalisi Instituto de Biología Subtropical (CONICET-UNaM), nodo Posadas (Argentina)
  • 24 David García Alonso Centro de Investigaciones Científicas y Tecnológicas de Extremadura (CICYTEX, Junta de Extremadura)
  • 25 Cristina González Montelongo Herbario TFC. Universidad de La Laguna
  • 26 Nereida Guerra Arévalo Universidad Regional Amazónica Ikiam (Ecuador)
  • 27 Carmen Haro Barba Universidad Rey Juan Carlos - Intermediae Matadero Madrid
  • 28 Hebe Jorgelina Iriarte Instituto Multidisciplinario de Investigaciones Biológicas de San Luis - CONICET (Argentina)
  • 29 Marta Iturribarria Ruiz Gobierno Vasco
  • 30 Carlos Eduardo Juárez Peña Programa de Conservación de Murciélagos de El Salvador (PCMES)-ATVES
  • 31 María Paola Languasco Fundación Miguel Lillo (Argentina)
  • 32 Claudia Lansac Nieto Real Jardín Botánico (RJB-CSIC)
  • 33 Diego López Collar Universidad Complutense de Madrid
  • 34 Francisco Márquez García Instituto Investigación Agraria Finca La Orden. (CICYTEX) - Herbario HSS
  • 35 Hugo Mas Gisbert VAERSA
  • 36 Eloïsa Matheu de Cortada Museu de Ciències Naturals de Barcelona
  • 37 María del Carmen Moreno Sancho Tragsatec
  • 38 Ferran Palero Pastor Centre d'Estudis Avançats de Blanes (CEAB-CSIC)
  • 39 Francisco José Peralta Cornejo UGR/AECOM
  • 40 Carmen Quesada Ochoa Herbario de la Universidad de Granada
  • 41 Lucía Rodríguez Arias Universidad de Cádiz
  • 42 Cristina Ronquillo Ferrero Museo Nacional de Ciencias Naturales (MNCN-CSIC)
  • 43 Javier Ruiz Guzmán Herbario COFC. Universidad de Córdoba
  • 44 Oscar Ruiz Reyes Alburen Consultoría Medioambiental, S.L.
  • 45 Francisca Salmerón Jiménez Instituto Español de Oceanografía - Málaga
  • 46 Vivian Scheinsohn CONICET-INAPL/UBA
  • 47 Alicia Solana Mena Management & Ecology of Malasyan Elephants (MEME, Malasia)
  • 48 Mónica Souto Domínguez Novotec Consultores, S.A.
  • 49 Ángela M. Suárez Mayorga Universidad Nacional de Colombia
  • 50 Agustina Yañez Museo Argentino de Ciencias Naturales "Bernardino Rivadavia"