VII Taller GBIF.ES: Imágenes digitales para estudios de biodiversidad

Este taller tratará el proceso de captura, manejo y publicación en internet de imágenes digitales de especímenes de colección y de otras imágenes relacionadas con proyectos de investigación en biodiversidad: láminas, preparaciones microscópicas, etc.

Los temas a tratar irán desde el equipamiento necesario y su configuración (óptica, iluminación, etc.), las técnicas de captura, el procesado de las imágenes y los (meta)datos a recoger para su publicación.

IMPORTANTE: Es conveniente que los alumnos aporten sus propias imágenes, que se procesarán y se publicarán en un servidor instalado al efecto, así como sus propios ejemplares para fotografíar para tratar de resolver los problemas que se presenten.

Debido al número limitado de plazas disponibles, las solicitudes presentadas se someterán a un proceso de selección donde se evaluarán los siguientes aspectos:

  • Adscripción a una institución que colabore y/o provea datos a través de la red de GBIF.
  • Número de solicitudes presentadas desde esa misma institución.
  • Conocimientos sobre la materia.
  • Solicitud y/o presencia en talleres anteriores de GBIF España.

Los talleres organizados por GBIF.ES no conllevan gastos de inscripción, pero los gastos derivados del curso (transporte, alojamiento y manutención) han de ser cubiertos por cada participante.

Programa

PARTE I: TÉCNICAS AVANZADAS DE IMAGEN DIGITAL.
Arturo H. Ariño y David Galicia.

Lunes 14 diciembre 2015

09:30-10:00 Bienvenida e introducción al curso. GBIF y la información primaria sobre biodiversidad.

10:00-11:00 – Sesión introductoria: Teoría de la imagen digital

  • Nociones básicas sobre imagen
    • Naturaleza de la luz
    • Óptica y formación de la imagen
    • Teoría del Color
  • Captura de una imagen
    • Señal analógica y digital
    • Sensores digitales y respuesta electrónica
  • Sistemas de imagen digital
    • Componentes ópticos y electrónicos
      • Cámaras
      • Escáneres
      • Camscans
      • Sensores no ópticos
      • Iluminadores
    • Equipos de tratamiento de imagen
      • Recogida de imagen
      • Almacenamiento
      • Ordenadores de proceso
    • Software de tratamiento y análisis
      • Controladores de hardware y adquisición
      • Gestores de archivos
      • DB de imágenes
      • Procesadores de imagen
      • Analizadores de imagen, stacks y generación

11:00-11:30 – Pausa para café

11:30-13:30 – Sesión teórico-práctica: Adquisición de imagen

  • Fotografiado de especímenes bidimensionales
    • Ejemplares zoológicos bidimensionales
    • Plantas de herbario
    • Láminas, papel, documentos

13:30-15:00 Pausa para comer

15:00 - 16:30 Sesión teórico-práctica: Adquisición de imagen II

  • Fotografiado de especímenes tridimensionales
    • Iluminación
    • Planos y ángulos de imagen
    • Ejemplares de tamaño medio y grande
    • Ejemplares para macrofotografía con SLR
    • Motorización
  • Fotomicroscopía
    • Estereomicroscopio
    • Microfotografía y técnicas de contraste

16:30-17:00 – Pausa para café

17:00-18:00

  • Casos especiales
    • Cajas de colección
    • Material en líquido
    • Imagen morfométrica
    • Imagen en espectro no visible
    • Especímenes transparentes
    • Especímenes brillantes
    • Imagen para clasificación automática
    • Estereopares

Martes 15 diciembre 2015

09:00-11:00 – Sesión teórico-práctica: Prevención de problemas en la imagen I

  • Problemas fotográficos
    • Resolución
    • Color
    • Geometría
    • Artefactos

11:00-11:30 – Pausa para café

11:30-13:30 Sesión teórico-práctica: Prevención de problemas en la imagen II

  • Problemas informáticos
    • Pérdida de información
    • Conservación, archivo y durabilidad
    • Costes
    • Compatibilidad de formato
    • Conversión entre formatos

13:30-15:00 Pausa para comer

15:00-16:30 – Sesión teórico-práctica: Postprocesado y análisis de imagen

  • Procesos generales de la imagen y retoque
    • Reencuadre, recorte y redimensión
    • Ajuste de gama dinámica
    • Corrección cromática
    • Corrección geométrica
    • Limpieza digital
    • Ajuste de la nitidez
    • Tratamientos parciales en la imagen
    • Segmentación
    • Filtros
  • Combinaciones de imágenes
    • Algebra de imagen
    • Montaje fotográfico
    • Stacks y automontaje
    • Extensión de gama dinámica

16:30–16:45 – Pausa para comer

16:45-18:00 Sesión teórico-práctica: Postprocesado y análisis de imagen II

  • Formatos de imagen
    • Conversión entre formatos
    • Formatos de compresión
    • EXIF
  • Automatización y procesos especiales
    • Fotografía industrial de colecciones
    • Automatización de automontaje
    • Radiografía
    • SEM
    • Adquisición 3D
    • Procesos en lotes

Miércoles 16 diciembre 2015

PARTE II: EL PROCESO DE PUBLICACIÓN DE IMÁGENES DIGITALES DE BIODIVERSIDAD EN INTERNET. Francisco Pando

09:30-11:00

  • Proyectos y bibliotecas digitales en Internet (Flora brasiliensis, Herbario de Berlín, Morphbank, etc).
  • Servidores de imágenes (eRez, IIPImage) vs Repositorio de imágenes.
  • Visualizadores (zoomyfer, FSI Viewer).
  • Servicio de alojamiento y publicación de imágenes de GBIF.ES.
  • Integración del Servicio de alojamiento y publicación de imágenes en la infraestructura de GBIF.ES y de GBIF (protocolos, estándares, portales).

11:00-11:30 Pausa para café

11:30-13:30

  • Protocolo de uso del Servicio de alojamiento y publicación de imágenes e integración en la red de GBIF. Ejemplo de uso con catálogos de imágenes ya cargados en GBIF-ES. //www.gbif.es/Imagenes.php
  • Parte práctica: publicación en Internet de imágenes aportadas por los alumnos.
    • Caso práctico I: Integración de imágenes digitalizadas por los alumnos con el visualizador zoomyfer y publicación en nuestra web.
    • Caso práctico II: Integración de imágenes digitalizadas por los alumnos en el Servicio de Alojamiento de imágenes de GBIF.ES y publicación en nuestra web.

Listado de Participantes

  • Nombre Organización
  • 1 Adrián Lázaro Fuentes Autónomo
  • 2 Alberto Sánchez Vialas Museo Nacional de Ciencias Naturales (CSIC)
  • 3 Ana Carmen de la Cruz Calleja Instituto Nacional de Investigaciones Agrarias. Centro de Investigación Forestal
  • 4 Ángel Fernández Cancio Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria INIA
  • 5 Ángel Luis Garvía Rodríguez Museo Nacional Ciencias Naturales (CSIC)
  • 6 Celia M. Santos Mazorra Museo Nacional Ciencias Naturales (CSIC)
  • 7 Elena Estrelles-Perpiñá Universitat de Valencia, Jardín Botánico
  • 8 Felipe Villegas Vélez Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
  • 9 José Edilson Espitia Barrera Museo de La Salle Bogotá, Colombia
  • 10 José Luis Molina Pardo Centro de Investigación de Colecciones Científicas de la Universidad de Almería
  • 11 Marta Calvo Revuelta Museo Nacional Ciencias Naturales (CSIC)
  • 12 Nelson Londoño Gutiérrez Universidad De Granada
  • 13 Rosario Toril Moreno Centro Nacional de Educación Ambiental (CENEAM). Organismo Autónomo Parques Nacionales. MAGRAMA
  • 14 Teresa Antolín García Centro Nacional de Educación Ambiental (CENEAM). Organismo Autónomo Parques Nacionales. MAGRAMA